2021年10月，在中国知网发布的《中国学术期刊影响因子年报(自然科学与工程技术·2021版)》中，《长江科学院院报》复合影响因子实现六连升，由2014年的0.637增长至2020年的1.321。影响力指数(CI, Clout Index)较2019年提前4名，在水利工程学科76种期刊中排名第8，基础研究类影响因子学科排名第6；基金论文比一直呈上升趋势，2019年和2020年度基金论文比均保持在0.9左右；Web即年下载率由2019年的58%提升至2020年的99%。

《中国学术期刊影响因子年报(自然科学与工程技术)》由中国知网、中国科学文献计量评价研究中心和清华大学图书馆共同编制，是国内期刊界权威的统计源。通过对中国学术期刊进行统计分析和定量评价，形成《年报》，并以电子期刊的形式按年度连续出版。《长江科学院院报》近年来通过加强约稿组稿、严把审稿关、打击学术不端行为等多项举措提升稿件学术质量；同时坚持精细编校的传统，提高出版质量，发展期刊新媒体等，使期刊的学术地位和影响力持续攀升。