基于5种拓扑分析方法鉴定与口腔鳞状细胞癌相关的生物标志物
2021-03-29毕文静
马 华,毕文静,张 旭
(西南大学 数学与统计学院,重庆 400715)
0 引言
口腔鳞状细胞癌(OSCC)是头颈部最常见的癌症.世界范围内,口腔癌约占全世界恶性肿瘤的3%[1-2].每年全世界估计有300万新病例[2-3].尽管口腔癌的治疗取得了长足进步,早期患者的生存率超过90%,但晚期患者的总体生存率仅为30%[4-5].患者不能早诊治、局部淋巴结转移及原发灶复发是口腔鳞癌预后差及五年生存率低的主要原因[2,6].因此,早期阶段癌症预测因子的检测显得十分重要.
与微阵列方法相比,转录本的测序(RNA-Seq)数据具有多个优势,包括检测体细胞突变和准确测量等位基因特异性表达能力等[7].口腔癌中最常见的细胞来源是鳞状细胞,在口腔癌中占的比例超过90%[8].晚期阶段,这些癌细胞具有高度浸润性和转移性.Wang等人通过分析来自GEO和癌症基因组图谱(TCGA)数据,发现CXCL10、OAS2、IFIT1、CCL5、LRRK2和PLAU六个基因可作为口腔鳞状细胞癌的生物标记或潜在治疗靶标[9].Wang等人通过转录组测序和生物信息学分析发现,TGFBI过表达可促进口腔鳞状细胞癌,并与患者不良预后有关[10].Ge等人通过加权基因共表达网络分析确定了七个hub基因PLAU、SERPINE1、LAMC2、ITGA5、TGFBI、FSCN1和HLF与口腔鳞状细胞癌的发生和预后相关[11].Liu等人研究表明,唾液LDOC1是口腔鳞状细胞癌的性别差异生物标志物[12].然而,上述文献中均使用微阵列芯片数据集以及采用单一的方法选择hub基因,并且OSCC的潜在分子机制尚不清楚,有待进一步探索.
本研究利用公共数据库转录本的测序(RNA-Seq)数据集,使用edgeR鉴定了口腔鳞状细胞癌……