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水芹治疗新型冠状病毒肺炎的网络药理学预测和分析

2021-03-27刘青川曹文斌杨新波王仁杰王蒙蒙黄正明

中国医药导报 2021年6期
关键词:数据库信号

刘青川 曹文斌 杨新波 王仁杰 王蒙蒙 黄正明

北京卫健基业生物技术研究所药理室,北京 100039

新型冠状病毒肺炎疫情的暴发导致世界经济遭受巨大损失,人民健康受到严重威胁。2020 年2 月11 日,新型冠状病毒所致的疾病被WHO 正式命名为“2019 冠状病毒疾病”(coronavirus disease 2019,COVID-19)[1];新型冠状病毒被正式命名为严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)。截至2020 年9 月11 日,我国已累计报告确诊病例85 174 例,累计死亡病例4634 例[2]。海外疫情则更为严重,感染和死亡人数仍处于快速增长之势,疫情形势不容乐观。此次疫情中,中医药学结合了对“疫”病的治疗手段,在COVID-19 的预防和治疗中发挥了重要作用。中药水芹自《本草求真》《神农本草》《本草纲目》等古籍就有记载,具有清热解毒功能,主治黄病、小儿暴热等证。近代研究发现,水芹中含有丰富的黄酮类和酚酸类物质,这些活性成分对乙型肝炎和艾滋病等病毒感染性疾病具有良好的治疗作用,体内外实验结果均表明其可显著抑制病毒复制[3-4];其作用机制与影响病毒DNA 聚合酶或逆转录酶的活性密切相关[5-6]。基于水芹抗病毒作用的研究,本研究运用网络药理学手段,研究水芹的作用靶标和信号通路,预测和分析其防治COVID-19 的可能性和潜在分子机制,为水芹治疗COVID-19 的实验研究提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 数据库

TCMSP(http://tcmspw.com/tcmsp.php);PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/);Swiss Target Pre diction(http://www.swisstargetprediction.ch/);UniProt(http://www.uniprot.org/);疾病靶点数据库:TTD(http://db.idrblab.net/ttd),OMIM(https://www.omim.org/),Drugbank(https://www.drugbank.ca/),GeneCards(http://www.genecards.org);STRING(https://string-db.org);DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)。

1.2 获取水芹活性成分靶点

通过北京卫健基业生物技术研究所研究和文献查询[7-9],选取水芹的7 种活性成分:绿原酸、咖啡酸、芦丁、山奈酚、槲皮素、异鼠李素、金丝桃苷。……

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