高通量测序技术检测非小细胞肺癌相关驱动基因的突变
2021-03-22严晓娣史国振毛旭华
严晓娣,史国振,毛旭华
1南通大学附属医院肿瘤放疗科,江苏 南通 226001;2江苏大学附属宜兴医院心胸外科,3检验科,江苏 无锡 214200
肺癌是世界范围内发病率和病死率最高的恶性肿瘤之一[1]。据中国癌症统计报告,中国2015 年有429 万例肺癌新发病例,281 万例肺癌死亡病例[2-3]。肺癌患者中约80%为非小细胞肺癌(non⁃small⁃cell lung cancer,NSCLC),60%~70%的NSCLC患者首诊时已处于中晚期[4],失去了手术治疗机会。近年来以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)⁃酪氨酸激酶抑制剂(tyro⁃sine kinase inhibitor,TKI)为代表的靶向治疗取得飞速发展。研究表明,EGFR、KRAS、BRAF、NRAS、PIK3CA 和Her⁃2 等基因的突变状态与NSCLC患者TKI 靶向治疗的疗效、肿瘤转移以及预后相关[5-7]。因此,全面准确地检测相关基因显得尤为重要。
目前常用的基因检测方法主要有Sanger 测序法、高通量测序技术、实时荧光定量PCR法、微滴式数字PCR 技术(droplet digital PCR,ddPCR)等。Sanger 测序法被认为是基因检测的“金标准”,但其操作步骤繁琐、耗时长、检测灵敏度不高。高通量测序技术具有海量检测分析能力,能够一次检测多个基因的多个突变位点序列,节省肿瘤样本DNA。ddPCR 技术是一种新发展起来的检测方法,其具有更高的精度和灵敏度,且可绝对定量。
本研究应用个体化基因组测序(personal genome machine,PGM)平台,对150 例NSCLC 患者EGFR、KRAS、BRAF、NRAS、Her⁃2 和PIK3CA 基因突变状态进行检测并分析,同时采用Sanger 测序及ddPCR技术对150例NSCLC患者EGFR基因突变状态进行检测并加以对比分析。
1 材料和方法
1.1 标本
病例纳入标准:①病理证实为NSCLC;②年龄大于18岁;③有可测量病灶(CT测得长径≥10 mm);④心电图、血常规、肝肾功能、骨髓功能基本正常;⑤患者及家属知情并同意。病例排除标准:①造血功能严重障碍者,肝肾功能严重损害者;……