周新童，任天宇，党胜春

(江苏大学附属医院普外科，江苏 镇江 212001)

胃癌的发生发展复杂，涉及多个癌基因和信号分子[1-3]。长链非编码RNA (Long non-coding RNA，LncRNA)是一种长度超过200个核苷酸的转录本[4]，本身并不参与蛋白质编码，其在肝癌、肺癌、结肠癌等多种肿瘤的增殖、转移过程中起重要作用[5]。LncRNA AL139147.1位于染色体1p31.3，长度为1 156 bp。目前，关于AL137147.1在胃癌中的表达及其对肿瘤生理过程的影响尚不清楚。近几年来，学者多利用公共数据库来获得大样本数据进行研究[6]。因此，本研究拟通过生物信息学方法，分析AL139147.1在胃癌中表达；并通过慢病毒介导的RNA干扰，沉默胃癌MKN-45细胞株中的AL139147.1表达，研究其对细胞增殖和生长周期的影响。

1 材料和方法

1.1 材料

胃癌细胞系AGS、MKN-45、HGC-27以及正常人胃上皮GES-1细胞均购于中国科学院上海生物化学与细胞研究所。RPMI 1640(美国Invitrogen公司)；10%胎牛血清(美国Gibco公司)；转染试剂聚凝胺(上海吉凯公司)；Trizol试剂(上海普飞生物公司)；逆转录及PCR试剂盒(大连TaKaRa公司)；DEPC(北京博奥拓达科技)；RNA 6000纳米试剂盒(美国安捷伦公司)；逆转录酶(美国Promega公司)； MTT及二甲基亚砜(上海试一化学试剂公司)；Annexin V及碘化丙啶(北京夏思生物科技)。

AL139147.1及内参GAPDH引物由上海生工公司设计，AL139147.1上游引物：5′-TAGGTAATACCATTCGGGACA-3′，下游引物5′-CCATTCTGTAGGT TGCCTGTT-3′；GAPDH上游引物：5′-TGACTTCAACAG CGACACCCA-3′，下游引物：5′-CACCCTGTTGCTGTAGCCAAA-3′。AL139147.1 3个不同的目标短发夹RNA(shRNA)序列如下，shRNA#1：TCTACCAATGTGATGCGAA；shRNA#2：GCCCTCATTGCCAAGACAA；shRNA#3：GGTGGACCAGATGACCTTA；以及阴性对照序列(TTCTCCGAACGTGTCACGT)均由上海吉凯基因有限公司设计。慢病毒载体GV493和病毒包装的质粒购自上海吉凯基因有限公司，并经测序证实。

1.2 方法

1.2.1 生物信息学数据筛选 胃癌转录组测序数据TCGA-STAD-HT-Seq来自https:∥portal.gdc.cancer. gov癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA) ，共获得407个样本，其中胃癌组织375例，癌旁对照组织32例，同时下载胃癌临床样本文件TCGA-STAD，共计443例样本信息。……