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基于数据挖掘分析ZC3H13在透明细胞肾细胞癌中的表达及预后意义

2021-03-09孙琰方久远李惠翔

河南医学研究 2021年4期
关键词:数据库水平分析

孙琰,方久远,李惠翔

(郑州大学第一附属医院 病理科,河南 郑州 450000)

肾细胞癌是起源于肾小管上皮的一组恶性肿瘤,约占肾脏恶性肿瘤的90%[1]。透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)、乳头状肾细胞癌(papillary renal cell carcinoma,PRCC)、嫌色细胞肾细胞癌(chromophobe renal cell carcinoma,CRCC)是3种常见的肾细胞癌亚型[2]。CRCC预后最好,PRCC次之,而占肾细胞癌70%~80%的ccRCC的预后最差。目前原发性ccRCC的5 a生存率为65%,但一旦发生转移,5 a生存率下降至10%~20%[3]。随着分子靶向治疗的发展,肾细胞癌作为一组具有广泛表型变异和瘤内异质性的疾病,有关预后和治疗的基因研究显得尤为重要[4-5]。ZC3H13是一种含有CCCH序列的锌指蛋白,其特异性的锌指结构通过与靶点DNA或RNA序列相结合,影响基因的转录和翻译。ZC3H13在胚胎发育、肿瘤发生发展等多种进程中行使不同的功能,与多种疾病和肿瘤相关。ZC3H13突变发生于肺癌、胃肠道肿瘤、卵巢癌、胶质母细胞瘤等多种肿瘤中,影响肿瘤的发生、进展及预后[6-8]。Zhu等[9]在117例大肠癌患者中检测到ZC3H13体细胞框架移位突变,并且发现该突变可能通过Ras-ERK信号通路影响预后。但ZC3H13在ccRCC中的表达及对预后的影响尚不明确。本研究利用Ualcan数据库和HPA数据库挖掘分析ZC3H13mRNA及蛋白在ccRCC中的表达及其与预后的关系,并利用GEPIA数据库加以验证,最后应用生物信息学方法预测ZC3H13在肾细胞癌中可能存在的作用机制。

1 资料与方法

1.1 Ualcan数据库挖掘分析Ualcan数据库(http://Ualcan.path.uab.edu/)是一个基于TCGA数据库的癌症数据在线分析和挖掘网站。本研究利用Ualcan数据库挖掘分析ZC3H13在ccRCC中的表达并进行差异性分析、生存分析和共表达分析,设置检索条件为:(1)选择scan by gene;……

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