BUB1B在肾透明细胞癌免疫细胞和预后中的作用
2021-02-28吴少波臧淇娟邢梓轩代秉玲西安交通大学医学部药学院西安710061
吴少波,臧淇娟,邢梓轩,代秉玲(西安交通大学医学部药学院,西安 710061)
肾透明细胞癌(KIRC)是肾癌中最常见的恶性肿瘤,占肾脏原发恶性肿瘤的75%~82%[1-2]。近年来,免疫检查点抑制剂已成为KIRC一线治疗的标准[3-5]。BUB1B是纺锤体装配检查点蛋白家族的成员之一,已被证实与多种癌症相关,但其在KIRC发生中的确切作用尚不清楚。研究表明,多种因素可能在KIRC免疫微环境的形成过程中发挥不同的作用。免疫检查点阻断疗法已被证实对KIRC患者预后的改善具有一定作用[6],但免疫浸润细胞与KIRC预后的关系仍不清楚。
本研究采用癌症基因组图谱(TCGA,https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/)数据库中的KIRC数据,通过基因表达谱交互分析(GEPIA)和Cox比例风险回归模型回归分析确定BUB1B与KIRC表达的相关性及对预后的影响。利用CIBERSORT和TIMER计算KIRC中22种不同类型肿瘤浸润性免疫细胞(TIICs)的相对比例,探讨BUB1B与TIICs的关系。此外,对BUB1B进行基因功能富集,分析其表达影响的通路,最后利用GEO和UCLCAN数据库对结果进行外部数据验证。BUB1B有可能成为新的评估KIRC患者预后的生物标志物和肿瘤免疫治疗靶点。
1 资料与方法
1.1数据下载和预处理 下载KIRC患者的基因表达谱和临床信息,包括539份肿瘤样本和72份正常样本,均来自于TCGA(是高通量芯片实验数据的公共存储库)。剔除年龄、总生存时间、肿瘤原发灶(T)、淋巴结转移(N)和远处转移(M)分期资料不足或缺失的病例。最后,对497例临床资料符合要求的患者进行后续分析。
1.2GEPIA数据库分析 用GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn/)对TCGA数据库中BUB1B在肿瘤和正常样本中的表达量进行分析。GEPIA是一个公共平台,用于分析来自TCGA和基因型-组织表达(GTEx)数据库项目的9 736个肿瘤和8 587个正常样本的RNA测序表达数据[7]。……
