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Slit2 在膀胱癌中的表达、信号通路及其与患者预后关系的生物信息分析

2021-02-24朱朝阳

河南大学学报(医学版) 2021年1期
关键词:数据库信号水平

李 扬,王 云,李 遵,朱朝阳

河南大学淮河医院 泌尿外科,河南 开封475000

膀胱癌是临床上较为常见的一类泌尿上皮性肿瘤。相关流行病学研究显示,全球范围每年膀胱癌新发病例高达45 万,因膀胱癌死亡的患者超过15万[1]。因此,膀胱癌已成为肿瘤致死的重要原因之一。然而,膀胱癌确切发病的分子机制仍不十分清楚[2],且部分患者术后常常多次复发,是导致治疗失败和患者死亡的重要原因。因此,在分子机制上探讨膀胱癌发生、复发转移和预后分子标志物是目前的研究热点[3-4]。

Slit2 基因定位于人4 号染色体,既往研究认为其在神经发育中发挥重要作用。近年来研究[5-8]显示,Slit2 在多种实体肿瘤中呈现差异表达,并与其生物学行为如侵袭转移能力增强有关。Slit2 在人膀胱癌中的研究报道不多。因此,本研究采用生物信息学方法探讨Slit2 基因在膀胱癌中的表达情况及其与患者预后的关系。

1 资料与方法

1.1 Slit2 表达水平分析

采用生物信息学方法首先在GTEx(https:/ /www.gtexportal.org/home/)数据库中检索slit2 基因在人体各种组织中的表达水平。在TCGA 数据库(https:/ /portal.gdc.cancer.gov/)中分析Slit2多种肿瘤组织及在膀胱癌中的表达。采用TCGA数据库在线分析软件GEPIA(http:/ /gepia.cancer-pku.cn/detail.php)比较膀胱癌患者癌组织和癌旁组织中slit2 基因mRNA 表达水平及其与患者临床分期的关系。

1.2 Slit2 突变分析

在用 TCGA 在线分析工具 cBioPortal(http:/ /www.cbioportal.org/)对Robo1 的 在 膀胱癌及多种实体肿瘤中的突变情况进行分析。包括突变种类、突变频率及对应的突变位置。同 时,在COSMIC(https:/ /cancer.sanger.ac.uk/cosmic/)数据库中分析突变频率、单核苷酸突变位点及频率。

1.3 Slit2 相关基因蛋白网络构建及KEGG 信号通路分析

在STRING 数据库中,构建Slit2 相关基因表达的蛋白-蛋白相互作用网络。……

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