何情祖，钟传奇，李 翔，帅建伟,3*，韩家淮,3*

(1.厦门大学物理科学与技术学院，福建厦门361005；2.厦门大学生命科学学院，福建厦门361102；3.厦门大学健康医疗大数据国家研究院，福建厦门361102)

蛋白质谱仪的采集策略可以分为数据依赖获取(data-dependent acquisition,DDA)和数据不依赖获取(data-independent acquisition，DIA)两种.鸟枪(shotgun)法是一种典型的DDA采集模式[1].在鸟枪法实验中，质谱仪自动选择强度排名前N名的肽离子进行破碎，并记录所得的碎片离子质谱图.由于鸟枪法只选择强度排名靠前的肽段进行打碎，具有一定随机性，这使得鸟枪法检测到的肽段重复性较差.

为了解决DDA检测到的肽段重复性差的问题，2012年瑞士Gillet等[2]与AB-SCIEX公司联合开发出DIA相应的采集模式——全碎片离子顺序窗口化获取(sequential windowed acquisition of all theoretical fragment ions，SWATH).SWATH是一种典型的DIA模式，与传统的质谱数据采集方法相比，SWATH模式通过高速扫描每个荷质比窗口内所有的肽离子,并将其裂解成子离子，从而获得肽段和碎片完整的信息.相比于DDA，DIA模式具有通量高、特异性好、灵敏度高、定量结果重复性高等特点.但是DIA的质谱数据极其复杂，不同肽段的信号混合在同一张谱图内，加大了数据分析的难度.

为了分析DIA质谱数据，相关算法的开发一直是研究热点.2014年Rost等[3]提出一种文库依赖的SWATH质谱数据分析方法：OpenSWATH.该方法先使用DDA质谱数据进行数据库搜索，建立肽段的目标文库，然后根据目标文库对DIA质谱数据进行定量分析.2015年Tsou等[4]提出一款开源软件DIA-Umpire，直接分析DIA模式下的质谱数据，省去了DDA实验.在使用质谱技术研究生物学……