基于COI和Cytb基因的黄腰响蜜系统发育分析和分歧时间估算
2021-01-13元青苗段玉宝
元青苗 段玉宝*
(1.西南林业大学,云南省高校极小种群野生动物保育重点实验室,昆明,650224;2.西南林业大学生物多样性保护学院,昆明,650224)
随着分子生物学的发展,更多的鸟类(Aves)mtDNA基因全序列被测定[1],线粒体基因组作为一种研究手段在揭示鸟类的起源、系统发生[2-3]、分歧时间的研究中发挥着重要作用[4-5]。在mtDNA的13个蛋白编码基因中,COI和Cytb基因常用于动物类群的分类和系统发生关系的研究中[6-7],具有良好的解析作用。
1 材料与方法
1.1 材料数据来源
用于研究的样品采集于云南省西北部的泸水县高黎贡山,在此区域中获得1只黄腰响蜜个体;取0.5 g左右的肌肉组织,采用无水乙醇进行浸泡,保存于西南林业大学生物多样性保护学院。其余19个物种的COI和Cytb基因序列均来自于NCBI(National Center for Biotechnology Information)数据库。其中,将犀鸟目(Bucerotiformes)作为外群[11],共下载2条序列。每条COI和Cytb序列的长度分别大于650 bp和861 bp。物种信息详见表1。

表1 本研究所需的物种基因序列信息Tab.1 List and gene information of species in this study
1.2 DNA的提取、扩增及测序
从采集的肌肉组织样品中提取总线粒体DNA,DNA提取完成后加入100 μL ddH2O进行溶解,保存于-20℃的冰箱中。
线粒体基因组的引物和反应体系参照Sorenson等[12]的研究。DNA提取和PCR初步扩增完成后,经过1%的琼脂糖凝胶电泳检测,在紫外灯下观察,然后将扩增成功的产物送往上海派森诺生物科技有限公司进行测序。黄腰响蜜的线粒体全基因组信息也已提交NCBI数据库,登录号为MH737741。
2 数据处理
2.1 序列处理
在MEGA 7软件[13]中导入目标物种的序列,20条序列进行多重比对,比对好后对序列进行剪切,每条COI基因序列的最终长度均为650 bp,Cytb序列为861 bp。……
