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基于蜜蜂球囊菌纳米孔测序数据的基因非翻译区延长、SSR位点发掘及未注释基因和转录本鉴定

2021-01-12付中民祝智威冯睿蓉王秀娜蒋海宾范元婵范小雪熊翠玲郑燕珍徐国钧陈大福

昆虫学报 2020年11期
关键词:数据库功能

杜 宇, 付中民, 祝智威, 王 杰, 冯睿蓉, 王秀娜, 蒋海宾,范元婵, 范小雪, 熊翠玲, 郑燕珍, 徐国钧, 陈大福, 郭 睿,*

(1. 福建农林大学动物科学学院(蜂学学院), 福州 350002; 2. 福建农林大学生命科学学院, 福州 350002;3. 福建农林大学, 福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室, 福州 350002)

蜜蜂是自然界最重要的授粉昆虫,在农业生产和生态维持方面发挥不可替代的作用(Montoya-Pfeifferetal., 2020)。此外,蜜蜂生产的蜂王浆、蜂蜜、蜂胶和蜂蜡等蜂产品具有重要的经济和药用价值(Ahmadetal., 2020)。但作为群居性昆虫,蜜蜂易遭受细菌、真菌和病毒等病原微生物的侵袭而罹患疾病。其中,蜜蜂白垩病是一种长期困扰养蜂生产的顽疾,由蜜蜂球囊菌Ascopshaeraapis侵染蜜蜂幼虫而引发(Jensenetal., 2013)。到目前为止,养蜂生产中对于白垩病仍缺乏有效的防治手段(陈大福等, 2017)。

Qin等(2006)通过对蜜蜂球囊菌0.5-1 A和A10菌株进行Sanger测序,组装了蜜蜂球囊菌的基因组草图,但作者当时仅公布了基因序列信息,并没有同时公布基因功能注释信息,导致该版本的基因组长期无法被有效利用,阻碍了蜜蜂球囊菌的进一步研究。Shang等(2016)运用二代测序技术对蜜蜂球囊菌ARSEF 7405菌株进行测序,重新组装和注释了scafford水平的蜜蜂球囊菌参考基因组(AAP 1.0),同时公布了完整的基因序列和基因功能注释信息,为该真菌病原的组学和分子生物学研究奠定了基础。由于测序技术的限制,除人类(Audanoetal., 2019)、小鼠Musmusculus(Mouse Genome Sequencing Consortium, 2009)和黑腹果蝇Drosophilamelanogaster(Solaresetal., 2018)等极少数模式生物的基因组组装到染色体水平外,多数物种的基因组仅组装到contig或scafford水平,仍有较大的提升空间。……

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