独行菜抗逆相关转录因子LaDREB密码子偏性与进化分析
2021-01-08王玉州王继莲赵惠新
周 茜,陈 芸,卢 函,王玉州,王继莲,赵惠新
(1.喀什大学生命与地理科学学院/叶尔羌绿洲生态与生物资源研究高校重点实验室,新疆喀什 844000;2.新疆师范大学生命科学学院/新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室/干旱区植物逆境生物学实验室,新疆乌鲁木齐 830054;3.和田师范专科学校生地学院,新疆和田 848000)
【研究意义】密码子是核苷酸序列翻译为氨基酸序列的联通途径,是遗传信息准确传递的关键[1−2]。密码子偏性(condon usage bias,CUB)是由于物种长期的进化,导致编码同一氨基酸的密码子(同义密码子)可能有多种,而使用过程不随机,通常根据环境的变化,密码子使用的适应性也发生相应改变而形成。不同的物种,可依据自身特异的进化方式,从而选择性的偏向使用某一特定密码子,导致形成了该物种特有的密码子使用偏性[1]。特定基因和物种对一种或几种同义密码子的使用偏好,在生物界普遍存在,影响特定基因的碱基相关组成和该基因的表达水平等[3]。最优密码子(最优先被使用的密码子),多出现在表达量较高的基因中[4]。评价密码子使用偏好性的参数主要有有效密码子数(effective number of codons,ENc)、同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)、密码子适应指数(codon adaptation index,CAI)和不同位置GC含量等[3]。进行密码子偏性分析能为特定基因功能预测[5]、分子进化水平[6]、表达调控机制[7]、蛋白质结构[8]等提供重要参考。【前人研究进展】DREB转录因子即干旱应答元件结合蛋白质(dehydration responsive element binding protein),是AP2/EREBP转录因子蛋白家族中EREBP亚家族中的一员,能特异性的结合DRE顺式作用元件;……
