虽然对植物叶际和根际的微生物群(包括所有微生物，主要是细菌和真菌)的研究很重要，但法国国家农业科学研究院（INRA）的科学家认为应该更多地关注作物残茬的微生物群。

作物残茬作为一个重要的微生物生态系统，对作物健康和生产都有积极/消极影响。作物残茬是植物病害的滋生地，但也明显有助于农业系统的稳定性。

有学者称，在作物保护的背景下，作物残茬值得特别关注。首先，残茬是作物致病病原物的主要载体，是需要解决的“问题”。第二，残茬也可以成为防治这些病害的解决方案的组成部分。以谷类作物为研究重点，INRA的科学家们探索了作物残茬微生物群落之间的动态互作与创新的病害治理策略的关联，如新一代基于微生物组的生物防治。通过结合微生物生态学和流行病学的知识，科学家们首次将残留物微生物群与作物残茬携带的植物病原真菌的存活联系起来。