牟永莹 王道平 陈明 邱丽娟 潘映红

（中国农业科学院作物科学研究所 农作物基因资源与基因改良重大科学工程，北京 100081）

蛋白质组是连接转录组与代谢组的关键环节，通过研究不同时空的蛋白质组构成，可揭示各种复杂的生命活动过程。大豆（Glycine max）是一种在全球范围内广泛种植的豆科植物，也是世界上产量最高的油料物。自2010年大豆品种Williams基因组测序完成后，蛋白质组学分析技术在大豆生长发育、逆境胁迫研究等多个方面得到广泛应用，目前已成为深入研究大豆育种和栽培分子基础的有力工具［1-4］。

蛋白质组学分析流程主要包括样品制备、质谱分析、数据挖掘等步骤，其中，蛋白质提取和酶切等样品制备技术是决定后续质谱分析重复性的关键因素之一，液相参数设置和质谱数据分析方式也会对蛋白鉴定结果产生影响。尽管前人报道过一些大豆种子蛋白质组学相关工作［5-6］，但是仍缺乏对大豆种子蛋白质组样品制备和分析技术的系统研究。

林杨杰等［7］曾采用多种缓冲液进行大豆种子蛋白初提和复提，并结合一维电泳预分离，可有效提高蛋白鉴定率，然而此方法处理步骤较繁琐，且存在胶内酶切过程中分子量大和疏水性强的肽段抽提难、酶解肽段回收率低的问题。为了提高样品制备过程中蛋白提取与酶切的效率，Park等［8］针对强疏水性膜蛋白的酶解提出了热变性方法，发现大豆种子蛋白样品经过热变性处理后，蛋白质更容易被酶解。……