汪盼盼 杨野 刘迪秋 崔秀明 刘源

（昆明理工大学生命科学与技术学院 云南省三七资源可持续发展利用重点实验室 国家中医药管理局三七资源可持续发展利用重点研究室昆明市道地药材可持续发展利用重点实验室，昆明 650500）

植物病害是严重危害农业生产的病害之一，植物病害的发生与作用机制，一直是研究的热点和难点。病原体可以通过多种途径感染植物，当植物不能与病原体抗衡时，植物将会被病原体侵蚀。研究发现病害的发生主要与植物根际微生物和病毒的多样性以及植物自身的免疫力相关。随着研究的深入，越来越多植物病害的发生及作用机制被揭示。

传统微生物组研究为获得植物中的病原物，常采用酶标记抗体检测［1］、特异性单克隆抗体鉴定［2］或采用酶联免疫吸附法和PCR技术相结合的方法，用于植物病原菌和病毒的检测［3］。但环境中的微生物具有多样性，约99.8%的微生物不能通过常规方法被鉴定［4］。宏基因组学与传统微生物组研究方法不同，可直接提取和鉴别环境中微生物的总DNA或RNA，理论上可获取所有环境微生物或病毒的基因信息，为植物病害的研究提供了便利［5］。目前，宏基因组学已被用于不同宏环境中微生物和病毒的研究，如来自土壤中的细菌、古细菌、真菌和病毒，以及海水中微生物的研究［6］。本文重点介绍宏基因组学的分析策略，以及在植物病害研究中的应用。

1 宏基因组学

1.1 宏基因组学概述

宏基因……