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扬子鳃蛭线粒体基因组全序列测定及其系统学地位
——基于Pacbio和Illumina技术*

2020-12-21谷生丽刘谏君孙恩涛湛孝东聂刘旺

吉首大学学报(自然科学版) 2020年3期
关键词:物种

谷生丽,刘谏君,孙恩涛,湛孝东,聂刘旺

(1.安徽师范大学 生命科学院,安徽 芜湖 241000;2.皖南医学院 医学寄生虫学教研室,安徽 芜湖 241002)

扬子鳃蛭(OzobranchusjantseanusOka,1912)是一种淡水吸血蛭类,隶属蛭纲(Hirudinea)吻蛭目(Rhynchobdellida)鳃蛭科(Ozobranchidae)鳃蛭属(Ozobranchus)[1],常寄生于乌龟(Mauremysreevesii)的颈部及四肢皱褶区.目前仅日本和我国有关于扬子鳃蛭分布的报道[2-3].2014年,日本学者Suzuki[4]首次报道未经任何预处理的扬子鳃蛭经液氮冷冻24 h后,可100%复苏存活,且在-90 ℃的温度下可长期存活32个月,引起了研究者极大的兴趣.迄今,有关扬子鳃蛭线粒体基因组的研究甚少,Liu等[5]对扬子鳃蛭线粒体全序列数据进行了简短报道,但没有对其结构进行分析;Nakano等[6]基于线粒体COX1基因分析了扬子鳃蛭的遗传多样性.本研究采用Pacbio三代单分子测序技术以及Illumina二代测序技术对扬子鳃蛭线粒体基因组进行测序和注释,并与目前NCBI nucleotide数据库中已完成测序的其他10种蛭类的线粒体基因组全序列进行比较、分析,以期为深入了解扬子鳃蛭线粒体基因组的结构及其系统学地位提供基础数据.

1 材料与方法

1.1 材料收集及DNA提取

本实验用扬子鳃蛭采自安徽省无为市某龟类养殖场.取吸附于乌龟体表的扬子鳃蛭成虫1只,用去离子水冲洗,经SDS/蛋白酶K裂解,再使用酚/氯仿提取总DNA,1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA完整性.

1.2 Illumina和Pacbio建库及测序

取1 μg DNA,用Covaris M220将DNA超声打断至300~500 bp的短片段,用TruSeqTMNano DNA Sample Prep Kit补平并在3’端加A,然后连接index接头,富集DNA后进行PCR扩增.利用2%琼脂糖回收目的条带,TBS380定量后按比例混合上机,使用Illumina Hiseq平台对文库进行测序.

参……

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