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基于转录组测序的陈山红心杉EST-SSR 开发及应用

2020-08-31陈兴彬何龙燕肖复明娄永峰徐海宁孙世武

中南林业科技大学学报 2020年8期

陈兴彬,何龙燕,2,肖复明,娄永峰,徐海宁,孙世武

(1. 江西省林业科学院 江西省植物生物技术重点实验室,江西 南昌 330013;2. 厦门市江平生物基质技术股份有限公司,福建 厦门 361000;3. 青原区白云山林场,江西 吉安 343000)

分子标记是以DNA 序列变异为基础的遗传标记,能在分子水平上反映个体间的差异。简单重复序列(SSR)在真核生物基因组中分布广泛,具有高度的多态性。与其它分子标记相比,SSR 标记具有可靠性强、共显性遗传、信息含量高、操作简单等特点,广泛用于谱系地理学和遗传多样性分析等方面[1-2]。根据来源不同,SSR 标记可分为基于基因组开发的g-SSR 和基于表达序列标签开发的EST-SSR,开发g-SSR 操作繁琐,难度高,效率低。EST-SSR 标记源于基因的转录区,与gSSR 标记相比,免去了文库构建,开发时间短,无效等位基因频率低,种间通用性更好[3-4]。同时,由于ESTSSR 是基因转录本的一部分,因此可作为功能基因直接鉴定的重要依据[5]。目前,基于转录组数据,火炬松Pinus taeda[6]、桉树Eucalyptus[7-8]、橡胶树Hevea brasiliensis[9]、日本落叶松Larix kaempferi[10]等树种已开发了大量多态性EST-SSR 标记。

杉木Cunninghamia lanceolata是我国南方重要的速生用材树种,广泛分布于我国亚热带地区。由于长期自然和人工选择以及分布区内气候、土壤和地形地貌差异导致的生殖隔离等,杉木种源间存在显著的遗传差异。陈山红心杉是具有江西地方特色的杉木优良种源,其近髓心的木质部为高比例的油亮的栗褐色,红心香溢,材质优良,坚韧耐腐[11],是工艺建筑和室内装潢极为宝贵的天然材料,且在浙江、福建、四川等地栽植表现良好[12-13]。……

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