泛基因组研究“撬动”大豆革命
2020-08-12
国际种业前沿动态 2020年14期
6月17日,《细胞》在线发表中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员田志喜团队关于大豆泛基因组的研究进展。该研究突破传统线性基因组的存储形式,在植物中首次实现基于图形结构基因组的构建。这项研究将引领全新的下一代基因组学研究思路和方法,被《细胞》杂志审稿人称为“基因组学的里程碑式工作”。
传统研究方法无法支撑复杂变异相关研究
基于图形结构泛基因组研究打破了传统基因组线性存储遗传信息的方式(ATCG等碱基按照顺序排列到染色体),是结合了传统基因组存储方式和图论的一种新型基因组存储方式。其优势是可以存储某物种中不同个体的遗传变异信息,从而真正代表一个物种的遗传信息,而非特定个体的遗传信息。此项研究还处于起步阶段。
基因组学是生命科学研究的核心基础。在种质资源的群体变异与性状挖掘研究中,通常需要借助一个参考基因组,通过将测序数据比对到参考基因上来鉴定个体间的遗传变异。该方法受制于参考基因组序列及其与检测个体间的相似性,参考基因组没有的基因组序列和个体间差异较大区域的信息将无法在群体中鉴定。同时,大片段的插入、缺失、拷贝数等变异类型也无法有效鉴定。
然而,这些基因组信息往往具有重要的生物学功能。因此,单一参考基因组在揭示种质资源丰富变异的研究中越来越“心有余而力不足”。
为大豆研究构建高质量图形结构泛基因组……p>
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