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闽楠转录组分析及基因功能注释

2020-07-14曾钦朦陈世品

植物研究 2020年4期
关键词:物种数据库功能

刘 丹 曾钦朦 刘 斌 李 煜 陈世品

(福建农林大学林学院,福州 350002)

闽楠(Phoebebournei(Hemsl.) Yang)俗称楠木,为樟科(Lauraceae)楠属(Phoebe)植物,是我国珍贵的用材树种之一,具有较高的经济和生态价值[1]。天然闽楠现存野生资源日益减少,且受到其自身生物学特性影响,生长发育缓慢,在遗传育种方面也大多采用传统育种方法,周期长且效率低[2~4]。研究闽楠群体遗传多样性,不仅可以避免物种灭绝,还可以为遗传群体的管理提供参考。目前为止,闽楠遗传多样性的研究相对较少,仅有李娟等[5]对闽楠5个野生群体进行ISSR分析,利用10对引物对96个样本的遗传多样性和遗传结构进行研究,得出闽楠在基因水平上遗传多样性较高,种群间遗传变异强于种群内。江香梅等[6]利用RAPD分子标记对福建和江西两省的8个天然群体进行遗传多样性分析,得出其遗传变异主要存在于种群内,并提出通过种群扩繁和回归自然的方式增强种群间的基因流,以维持群体遗传多样性水平。通过转录组测序开发分子标记,可以研究闽楠的群体遗传多样性,对闽楠群体管理和种质资源保护具有重要意义,也可以用于闽楠分子标记辅助育种研究,获得的转录组信息将为关键基因功能的研究提供基础。

基于二代测序技术的转录组测序技术(RNA-seq),具有高准确性、快速和低成本等优势,能够在缺乏基因资源的条件下获得物种的生长和代谢规律,并揭示其生物学特性与基因内在关联,同时可获得物种绝大多数的转录产物。……

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