柳凤娟， 杨 庆， 陈 倩， 余乐正, ， 李益洲

(1. 贵州师范学院地理与资源学院， 贵阳 550018； 2. 贵州师范学院化学与材料学院， 贵阳 550018；3. 四川大学化学学院， 成都 610065)

1 引 言

蛋白质分泌在协调细菌与其周围环境间相互作用中发挥着重要作用. 通过各种分泌系统，细菌可将自身合成的蛋白质释放到细胞外，或直接注入真核宿主及相邻细菌细胞内，进而发挥其毒力效应[1]. 目前，经实验证实的革兰氏阴性菌分泌系统至少已有9种，它们分别被称为Ⅰ型至Ⅸ型分泌系统[2].在这些分泌系统中，Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅴ型分泌系统可将各种酶转运到周围环境中，而Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅵ型分泌系统则可将各种效应蛋白直接运输到宿主细胞内，其对应的分泌蛋白也分别被命名为Ⅲ型(T3SEs)、Ⅳ型(T4SEs)、Ⅵ型(T6SEs)分泌效应蛋白[3].作为介导宿主细胞信号转导的关键分子，细菌效应蛋白(Effector proteins)的输入可使宿主细胞功能发生紊乱，以便细菌在宿主体内更好的生存、繁殖与感染，故效应蛋白在病菌与宿主相互作用机制研究中扮演着重要角色.

5 总 结

鉴于细菌效应蛋白重要的生物学意义，研究人员提出了多种可准确识别细菌效应蛋白的预测方法，但它们大都只能识别某一类分泌效应蛋白，如T3SEs[4-9]，T4SEs[10-15]，T6SEs[16-18].在这三类分泌效应蛋白中，由于T3SEs、T4SEs均不含N端信号肽，且二者可能具有相似的进化保守性或序列模体(Motifs)[10]，故现有计算方法极难区分这两类效应蛋白[19]. 为了解决这一问题，基于支持向量机(SVM)算法和伪位置特异性得分矩阵(PsePSSM)，本文构建了一个二元分类器以快速准……