异育银鲫内参基因的筛选
2020-06-07费越越南星羽高钟元
费越越,南星羽,余 路,罗 扬,高钟元,许 丹,3
( 1.上海海洋大学,国家水生动物病原库,上海 201306; 2.上海海洋大学,农业农村部水生种质资源重点实验室,上海 201306; 3.上海海洋大学,国家渔业科学教育示范中心,上海 201306 )
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是一种实时监控PCR扩增产物并进行解析的定量方法,因其灵敏度高、操作简单等优点,目前已在基因表达检测中广泛应用[1]。在常用的相对定量PCR试验中,为准确获得目的基因的相对表达量,通常引入合适的内参基因来校正RNA质量和反应条件等存在的误差。理想的内参基因应该在不同组织、不同发育阶段和不同处理条件下均保持相对恒定的表达水平[2]。试验中常选择管家基因作为内参基因,如甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β-肌动蛋白(β-actin)、18S核糖体RNA(18S rRNA)和延伸因子(EF-1α)。然而,有研究报道称,绝对稳定的基因并不存在,管家基因也只是在特定条件下表现出相对稳定的表达[3],如鳜鱼(Sinipercachuasti)胚胎发育阶段β-actin、18S rRNA和GAPDH基因的稳定性研究表明,18S rRNA在不同发育阶段表达水平有显著差异[4]。达氏鲟(Acipenserdabryanus)14种不同组织中EF-1α、β-actin和GAPDH基因的表达量研究表明,GAPDH基因表达有显著差异[5]。因此,即便是管家基因也要在特定条件下进行特定分析。为了提高qRT-PCR数据结果准确性,通常需要根据试验处理条件选择合适的内参基因。
异育银鲫(Carassiusauratusgibelio)是以兴国红鲤(Cyprinuscarpiovar.singuonensis)为父本,天然雌核发育的方正银鲫(C.auratusgibelio)为母本,经人工授精和异精雌核发育而获得的子代,因其生长迅速、适应力强、肉质鲜美且易于养殖,颇受人们喜爱[6]。据统计,目前,我国养殖的异育银鲫产量超过3.0×107t,在水产养殖中占有非常重要的地位[7-8]。……
