MicroRNA-4521 基因在非小细胞肺癌中的表达分析研究
2020-05-21谢佳莹曾麒燕通讯作者
谢佳莹,刘 奕,曾麒燕,2(通讯作者)
(1 广西医科大学生物化学与分子生物学教研室 广西 南宁 530021)
(2 广西高校生物分子医学研究重点实验室 广西 南宁 530021)
1 引言
非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)是肺癌中常见的类型,胸部CT 是其常用检查方法之一,然而超过60%的NSCLC 患者在诊断时已晚期或出现转移性疾病,此时通过常规化学、放射疗法可能无法达到预期治疗效果。因此,我们急需探索肺癌早期诊断和个性化治疗敏感而精确的生物标志物。microRNA(miRNA)是内源性小非编码RNA,可调节细胞增殖、周期及凋亡等多种生物学功能,是癌症诊断和治疗生物标志物的良好选择[1]。本文利用生物信息学分析的方法分析非小细胞肺癌中差异表达的miRNA,并预测其作用机制,为进一步的深入研究提供理论依据。
2 资料与方法
2.1 数据资料收集
从mirExtra2.0 数据库中下载miRNA 表达数据集,包括肺癌样本GSM973668 和正常肺组织样本SRR2038053-55、SRR2038054 和SRR2038055 等转录组测序数据集。首先依据P<0.05 的标准选出634 个差异基因,按照fold change 比值由高至低排序,并进行文献筛选,提取尚无肺癌相关文献报道基因中上调倍数最高者为目标miRNA。
2.2 生物信息学分析
采用TargetScan7 数据库、miRWalk 数据库及miRDB数据库对miRNA-4521 的靶基因进行预测,通过绘制Venn图在线工具取预测靶基因的交集基因作为miR-4521 的潜在靶基因。进一步通过Metascapes 数据库对miR-4521 的潜在靶基因进行GO 功能和KEGG 信号通路富集分析以及蛋白互作网络构建。
3 结果
3.1 差异表达miRNA 筛选
利用mirExtra2.0 数据库在非小细胞肺癌表达谱中进行差异基因分析,结果显示共有634 个差异miRNA 基因,将……
