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KIFC3基因在结直肠癌中的表达及预后分析

2020-03-28林佳钿谢喜娜

医学综述 2020年4期
关键词:数据库水平

林佳钿,谢喜娜

(1.北京大学深圳医院微创介入科,广东 深圳 518036;2.深圳大学第一附属医院转化医学研究院,广东 深圳 518035;3.汕头大学医学院细胞生物学与遗传学教研室,广东 汕头 515041)

结直肠癌作为常见的消化系统肿瘤,其转移治疗效果不佳,机制不明,是临床亟待解决的重要问题。驱动蛋白超家族分子(kinesin superfamily proteins,KIFs)异常表达可以导致有丝分裂过程中DNA的不平等分布,从而产生异倍体细胞,进而与肿瘤的恶性进展密切相关[1-2]。目前,多种KIFs家族成员已被证实参与结直肠癌、胃癌、肺癌、肾癌、乳腺癌、膀胱癌、前列腺癌、肝癌、恶性胶质瘤等多种肿瘤的发生发展过程[3-8]。驱动蛋白家族分子C3(kinesin family member C3,KIFC3)属于KIFs第14亚家族,参与乳腺癌紫杉醇的化疗抵抗[9],并且与肝细胞癌的预后相关[10]。然而,目前KIFC3与结直肠癌发生、发展相关的报道较少见。本研究主要通过肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和Oncomine数据库及临床结直肠癌样本,比较KIFC3在结直肠癌中的表达以及对生存预后的影响,为进一步阐明KIFC3在肿瘤发生、发展中的作用机制提供参考,也为结直肠癌的早期辅助诊断和预后判断提供新线索。

1 资料与方法

1.1数据资料收集 通过UCSC Cancer Browser(https://genome-cancer.ucsc.edu)下载TCGA数据库中结直肠癌组织的RNA表达数据,并提取结直肠癌病例的临床参数和生存资料(TCGA_COADREAD_exp_HiSeqV2-2015-02-24)。分析TCGA数据库中50例正常结直肠组织和380例结直肠癌组织KIFC3的表达水平。通过Oncomine数据库(https://www.oncomine.org)中Gaedcke结直肠癌[11]和Notterman直肠癌[12]数据集进一步比较KIFC3在结直肠癌组织和结直肠正常组织中的表达水平。

1.2临床组织标本收集 收集2017年1—6月从汕头大学医学院附属第一医院收治的19例经结直肠癌手术切除治疗的结直肠癌患者,每例标本包括癌组织及癌旁正常组织(距离肿瘤边缘≥3 cm)。……

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