剖宫产可能会使婴儿丢失获得母亲许多有益的肠道微生物的机会。科学家发现，相反地，这些婴儿的肠道中藏有更多通常潜伏在病房中的细菌。

这项发现进一步证明了剖宫产以及该产程通常使用的抗生素可能会改变最先定植在新生儿肠道中的细菌类型。一些科学家认为，这种微生物的聚集有助于形成微生物群，这种早期定殖的细节过程对于长期健康很重要。

尽管如此，结果并不能阻止孕妇在必要时接受剖宫产。 位于珀斯的西澳大学的分子微生物学家和生殖生物学家Lisa Stinson说:“剖宫产是一种挽救生命并且是医学上必要的干预措施,但是我们需要更好地了解它们对婴儿的长期影响。”

微生物群失衡与哮喘、过敏和其他炎性疾病有关。但是科学家不知道婴儿的新生微生物群最终是否会影响这些疾病。目前尚不清楚出生细节过程是否会改变早期微生物定植。

为了捕捉这些早期细菌的瞬间，英国剑桥惠康桑格研究院的基因组学家Yan Shao及其同事研究了英国医院出生的596名足月健康婴儿的肠道菌群。在314例阴道出生的婴儿中，有益的肠道微生物(例如双歧杆菌和拟杆菌)平均占肠道细菌总数的68%。这些细菌在剖宫产婴儿的肠道中少见。然而，医院环境中常见的菌种，包括潜在有害的肠球菌和梭菌，平均占剖宫产婴儿肠道细菌总数的68%。

出人意料的是，这两组婴儿母亲的阴道中都没有太多细菌，这种缺乏引起了人们的质疑，即向新生儿传递阴道微生物的有效性。已经有研究将阴道液涂在剖宫产婴儿身上作为恢复正常肠道菌群的一种方法。Shao说，但是这项新研究没有发现证据支持有争议的“阴道擦拭”措施。

研究表明，伴随本身的分娩方式，分娩时使用抗生素也会阻止细菌在婴儿肠道中的建立。在许多地方，剖宫产的母亲都会接受抗生素预防感染。除了消除可能的感染外，这些药物还能够杀死有益的细菌。在这项研究中，阴道出生但母亲也服用抗生素的婴儿中有益的拟杆菌减少。Stinson说，这表明某些细菌差异与母体抗生素暴露有关，而不是出生时缺乏与阴道细菌的暴露有关。

Stinso认为，抗生素还可能影响母亲母乳中的微生物混合物，从而可能影响婴儿的肠道微生物群。在这项研究中，母乳喂养对婴儿的肠道细菌影响很小。

研究人员通过观察较小的一组婴儿发现，随着婴儿的长大并开始吃固体食物，肠道细菌组成的差异就缩小了。

在研究过程中，所有婴儿均健康。 目前尚不清楚有可能导致这些婴儿感染的细菌是否在以后的生活中会真正引起麻烦。 新泽西州新不伦瑞克省罗格斯大学的微生物学家Maria Dominguez-Bello说，即使这样，新生命以不当的微生物群开始也可能会产生不良后果。