吴琼，王思珍*，张适，张丽媛，胡宗福，尤欢，牛化欣*

(1. 内蒙古民族大学动物科学技术学院，内蒙古 通辽 028000；2. 通辽市家畜繁育指导站，内蒙古 通辽 028000)

反刍动物的瘤胃中存在着丰富的微生物群体，影响微生物群落的因素不仅仅是日粮、遗传种类、生长发育阶段、生存环境等方面，还与宿主的消化吸收、营养代谢、生长性能、免疫功能等息息相关，瘤胃微生物的数量和组成对建立宿主功能具有重要作用[1-3]。瘤胃是厌氧环境，致使瘤胃内微生物进行人为培养很困难，这种环境限制了人们对瘤胃资源的探索研究。随着高通量测序技术的出现与发展，宏基因组测序已成功用于分析特定环境中的微生物组成、代谢途径和酶蛋白的功能分析等[4]。

使用高通量测序技术研究反刍动物瘤胃微生物能更准确地鉴定微生物类群，为微生物多样性更全面的分析提供了基础[5]。Pitta等[6]利用基于16S rRNA基因的扩增子测序技术，发现增加高蛋白质的饲粮会使普雷沃菌的比例大幅度上升，成为瘤胃中所占比例最高的菌属。Pandya等[7]测序分析了3头成年条苏尔蒂水牛瘤胃中的微生物，对比16S rRNA基因文库得到所分析序列可以较完整地表现瘤胃中的细菌多样性。王继文等[8]对山羊瘤胃和粪便微生物基因组进行了测序分析，结果显示拟杆菌门在瘤胃微生物中占优势地位，相对丰度最高的属则为普雷沃菌属，而粪便中的微生物则以厚壁菌门为主，相对丰度最高的属则为瘤胃球菌科下未分类的属，二者存在较大差异。……