郭绍贵 刘景安 郑轶 黄明云 张海英 宫国义 何洪巨 任毅 钟思林 费章君 许勇

目的与意义：目前关于西瓜果实在分子水平上发育和成熟的信息非常少，栽培西瓜是一种非呼吸越变型水果。到目前为止，只有一份报告描述了西瓜果实发育过程中一小部分基因的表达，对西瓜进行了大规模的转录组测序，以期对西瓜果实发育过程中的分子基础有更多了解。

材料与方法：使用西瓜自交系‘97103作为试验材料，在西瓜成熟过程中的白肉阶段、粉肉、红肉和过熟阶段分别测序cDNA，进行cDNA序列处理、组装、注释和比较基因组学分析，鉴定西瓜差异表达的基因，测定糖、可溶性固形物和类胡萝卜素的含量以及果肉硬度，qRT-PCR分析2个糖代谢基因。

结果与分析：通过使用焦磷酸测序技术对西瓜果实发育过程中4个阶段的cDNA样品进行测序。4个阶段分别是：白肉阶段（10 DAP），粉色果肉（18 DAP），红色果肉（26 DAP）和过熟（34 DAP），获得了总共577 023个高质量的EST，平均长度为302.8 bp，总长度为174.7 Mb。组装了包括大约8 000个EST，这些ESTs分布在4 616个unigenes中，在454个深度转录组测序后962个unigenes（20.8%）未被捕获。这表明尽管454个深度测序产生了大量新的 unigenes（超过70 000），但是只有将转录组测序到更深度的水平才能发现更多的稀有基因。

为了注释西瓜转录组，使用BLASTX程序将单基因序列与NCBI非冗余（nr）蛋白质数据库进行比较。分析显示，41 245（54.9%），20 648（27.5%）和4 493（5.9%）的unigenes与已知蛋白质序列匹配。比较了西瓜unigenes与pfam域数据库，总共11 454个水溶性unigenes含有至少一个由unigenes代表的pfam结构域和1 475个不同pfam结构域。发现465个unigenes含有转录因子的结构域，代表性最高的pfam转录因子结构域是PF00319、PF00847、PF00046和PF01486。……