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利用TCGA数据库分析p53表达与结肠癌临床病理因素及预后的关系*

2019-09-17中国医科大学附属盛京医院结直肠肿瘤外科110004孙华屹

中国卫生统计 2019年4期
关键词:结肠癌病理基因

中国医科大学附属盛京医院结直肠肿瘤外科(110004) 孙华屹 张 宏

【提 要】 目的 研究p53在结肠癌中的表达,并分析其与临床病理因素的关系。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠癌数据集,获得p53基因表达谱和临床信息。分析p53在结肠癌中的表达情况,其表达和临床病理学参数的相关性及对生存率的影响。结果 在TCGA数据集中,p53在结肠癌中的表达低于癌旁正常组织(P=0.0240),p53低表达的患者总体生存期明显优于p53高表达的患者,其表达与 T分期关联性大(P=0.0371),而与其他临床病理因素如年龄、性别、组织分型、病理分期、N分期及M分期无相关性(P>0.005)。结论 p53作为抑癌基因在结肠癌发生发展中发挥作用,可用于结肠癌的诊断、治疗及判断预后。

结肠癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,高发于直肠与乙状结肠交界处,病死率居消化道恶性肿瘤第5位,对患者生命健康构成了严重威胁[1]。寻找特异性的肿瘤标记物,对结肠癌的诊断和治疗有巨大帮助。p53在许多恶性肿瘤中表达[2],参与肿瘤的发生发展[3]。本研究通过对TCGA(The Cancer Genome Atlas)公共数据库进行挖掘,统计p53在结肠癌中的表达并研究其与临床病理因素的关系。

资料与方法

1.资料数据来源

从UCSC Xena网站(http://xen-abrowser.net/datapages/)下载标准化处理过的TCGA数据,该数据包括结肠癌患者mRNA表达数据(TCGA.COAD.sampleMap/HiSeqV2)以及患者的相关临床资料数据。

2.数据集筛选

本研究共计纳入292例样本,其中结肠癌组织样本267例,癌旁组织样本25例。同一病人的癌及癌旁组织表达信息用来作为癌组织与癌旁组织p53的表达比较,包含完整临床病理及生存信息的数据用来做临床病理相关性分析和生存分析。p53的低表达组和高表达组是以其mRNA表达量的中位数为节点。

3.统计学分析

应用SPSS 19.0软件进行统计分析。配对t检验用来比较癌组织和癌旁组织表达量差异。采用x2检验比较临床病理参数组间差异。生存率的估计采用Kaplan-Meier法,生存率的比较采用log-rank检验,P<0.05为差异有统计学意义。

结 果

1.癌旁组织和癌组织中p53的表达

p53的表达在同一病人的癌旁组织(10.95 ± 0.17)与癌组织(10.52 ± 0.05)有差异(见图1)。p53表达量在癌组织中显著下降(P=0.024),提示p53的表达下调可能促进结肠癌发生发展。

图1 p53在癌旁组织与癌组织的表达水平

2.p53与结肠癌患者预后的影响

图2分析了p53表达水平与结肠癌患者预后的关系,结果显示p53高表达患者总体生存期显著优于p53低表达患者(P<0.05),提示p53低表达预示结肠癌患者预后不良。

3.p53表达与临床病理学参数相关性

表1分析p53表达水平与结肠癌临床病理特征的相关性,结果表明p53的表达与T分期有关(P<0.05),与年龄,性别,组织类型,病理分期,N分期,M分期不相关(P>0.05)(见表1)。

讨 论

在我国结肠癌的发生率和死亡率均为上升趋势,其发生发展涉及多基因、多通路调控[4-6]。p53基因位于染色体17q13区[7],存在于正常细胞核中,调控细胞周期,修复DNA损伤。p53表达产物为p53蛋白,可阻滞细胞的异常增殖,有维持基因组稳定性的重要功能[8]。p53基因突变增强肿瘤细胞的恶性程度和侵袭能力[9]。本研究对TCGA数据集分析发现,在mRNA水平上p53在癌组织中表达明显降低,而p53低表达患者生存期明显低于p53高表达患者。表明p53表达改变与结肠癌发生发展有关,且可作为评价结肠癌患者预后的指标。

图2 p53高低表达与结肠癌患者预后的关系

参数例数p53高表达p53低表达P性别男 14565800.0757女1226854年龄(岁)>60 17086840.7372≤60974750组织类型腺癌 2311161150.7382粘液腺癌361719病理分期Ⅰ~Ⅱ15075750.9448Ⅲ~Ⅳ1175859T分期T1+T24931180.0.371T3+T4218102116N分期N015577780.4019N1673730N2451926M分期M018491930.8624M1834241

从我们的研究可知,p53表达与 T分期关联性较大(P=0.0371),而与其他临床病理因素如年龄、性别、组织分型、病理分期、N分期及M分期无相关性,这与p53基因突变导致肿瘤的观点不谋而合,由于抑癌基因表达降低导致癌细胞在致癌因素的作用下浸润侵袭增强[10]。以上结果提示p53与肿瘤浸润程度相关,可作为肿瘤预后评估的参考。

虽然本研究包含大样本结肠癌数据,但数据库仅包含p53的mRNA水平,没法研究p53蛋白表达与临床病理及生存相关性。目前,p53基因在结肠癌中的作用机制尚不明确[11],重视p53在结肠癌中的表达情况和临床病理因素的关系可为结肠癌的诊断、预后提供线索,为基因靶向治疗提供依据。

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