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一个细胞,一座迷城

2019-09-10叶盛

科海故事博览·上旬刊 2019年3期
关键词:线粒体显微镜荧光

叶盛

人类对生命的认识是从动物个体开始的。可是如果要回答一些生命的问题,光从动物个体的层次出发是不够的。要追根溯源,刨根问底,宏观的生命现象需要我们深入至微观世界才得以解答。微观到什么程度呢?细胞、微生物……这些都不够,我们一直要微观到分子、原子才可以。举个例子,为什么血液是红色的?因为血液里面有红细胞,而红细胞是红色的。红细胞为什么是红色的?因为红细胞里有一种蛋白质,它的名字叫血红蛋白,它是红色的。血红蛋白为什么是红色的?因为血红蛋白里含有铁,铁这种微量元素很容易和氧结合到一起,这样就能把氧带到我们全身各处。可是,铁不是黑色的吗?怎么就成红色的了?因为铁氧化了,氧和铁结合后形成的氧化铁是红色的,所以我们的血液才是红色的。今天我们就来聊聊这种肉眼看不见的物质——蛋白质。

细胞有多大

细胞有多大?是0.1毫米,也就是万分之一米。这也是人类肉眼分辨率的极限。所以想用肉眼观察细胞内部是不可能的,因此我们需要借助显微镜。我们以洋葱表皮细胞为例。把洋葱一层层剥开,将其内表皮撕下来,就会很容易得到它的单层细胞。显微镜下,这些细胞呈现为一个一个的格子。实际上,细胞对应的英文单词叫cell,cell这个词本身的意思就是小格子。所以,洋葱表皮细胞呈现的其实就是细胞的一个基本形态。每一个格子代表一个细胞,里边黑黑的是细胞核,它是细胞最核心的部分。大肠杆菌是一种单细胞生物,一个细菌就是一个细胞。大肠杆菌生活在人类的大小肠中,正常情况下,它是一种和人类互利共生的细菌。只有在机体免疫力降低等情况下,它们才会对人体健康造成危害。再以蛙的胚胎为例。蛙的受精卵分裂成兩个细胞后,再从两个细胞变四个细胞。人也是从受精卵分裂发育成的,一变二,二变四,四变八……这么一步一步变出来的。这就是生命微观,也是最根本的东西。

细胞里面长啥样

我们把细胞整个剖开,就会发现细胞的结构非常复杂。细胞里有细胞核、核仁、内质网、高尔基体、线粒体……细胞里有各种各样复杂的东西,其中一部分可以统称为细胞器。整个细胞就像一座喧嚣的城市,里边的蛋白质和细胞器在不停地运动,如果你真的能缩微成一个小人进到细胞里去看一看,就会发现细胞里的工作非常忙乱。当然,细胞的很多状态都需要借用显微镜来观察,不过这种显微镜并不是学校实验室里常用的显微镜,而是复杂得多、高级得多、巨大得多的显微镜。

细胞中的线粒体

线粒体是什么?线粒体是细胞的能量工厂。我们所有的运动,包括呼吸、说话、思考,全都需要能量,能量从哪儿来呢?通过饮食获取。当食物进入身体之后,会变成一些有能量的小分子——葡萄糖。葡萄糖在哪里释放能量呢?就在线粒体里。所以说,每个细胞里都有很多的线粒体来帮我们提供能量。我们吃进去的能量分子最终转换成了一种叫作ATP的小分子。ATP是细胞里的能量货币,细胞里绝大多数活动都需要它来提供能量。

细胞中的蛋白质复合体

我们把尺度再进一步缩小,就会看到蛋白质复合体,它的尺度是100纳米,也就是千万分之一米,这是非常小的。在众多的蛋白质复合体里,有一种叫核糖体,是细胞中的蛋白质工厂。蛋白质从何而来?就是从核糖体中生产出来的。人们每天都要活动,即便当你坐在那一动不动,身体每一个细胞里的蛋白质机器仍旧在不停地运动,所以我们才说“生命不息,运动不止”。我们把蛋白质机器拆开,里面是一个一个的蛋白质,比如这个核糖体蛋白质机器,拆开后就会发现里面有非常多的蛋白质。所以,蛋白质是组成细胞里分子机器的零件。蛋白质还有其他用处,比如有的蛋白质本身就很大,自己就像一个分子机器,能做很多很复杂的事情。磷酸原激酶是细胞中很重要的一种蛋白质,能够帮助我们把暂时不用的ATP分子先储存起来,等要用的时候,再将其能量释放出来,它的作用类似活塞式的发动机。还有一类蛋白质是细胞的建筑材料,如砖瓦般搭起了整个细胞。细胞里有很多纵横交错的网络,叫作细胞骨架。细胞骨架聚合的过程中很多小蛋白质不断地汇聚到一起,形成了一个管状或纤维状的结构。不需要这些骨架的时候,它又会迅速地解聚。还有很酷的动力蛋白,它正拖着一个巨大的囊泡在一根微管上行走,囊泡里装着很多货物。这样的情况无时无刻不发生在你的每一个细胞里。

蛋白质能被直接看见吗?用显微镜我们一定看不到!为什么?人眼可感知的可见光波长范围大概为400—700纳米,紫色是波长最短的,约400纳米;红色是波长最长的,约700纳米。我们之所以能看到一个物体,就是因为光照射到物体表面,然后被反射出来,我们看到了被反射出来的光也就看到了这个物体。但是,在光波和蛋白质之间会发生什么呢?蛋白质的长度约10纳米或更小,比光波的波长几百纳米要小多了,所以当光遇到蛋白质的时候,它会绕过蛋白质,也就是说,它们之间不会发生任何反应,任何相互作用,所以我们不可能利用可见光看到蛋白质,也就不可能用光学显微镜看到蛋白质了。为了解决这个问题,科学家发明了荧光显微镜。现在,我们把希望看到的蛋白质和绿色荧光蛋白连在一起,如此一来,绿色荧光蛋白在哪儿,蛋白质就在哪儿了,这就是荧光显微镜的基本工作原理。不过,科学家们觉得只有绿色荧光这一种颜色太单一了,如果想看好几种蛋白质怎么办呢?于是有科学家把绿色荧光蛋白稍微改造了一下,就生产出了一系列不同颜色的荧光蛋白。有了这一系列不同颜色的荧光蛋白,我们就可以标记不同的蛋白质,也就看到了细胞内部五彩斑斓的微观世界。在荧光蛋白的帮助下,我们看到的蛋白质是一个一个的点,一个光点对应一个荧光蛋白,可是我们怎么知道蛋白质内部的结构呢?

蛋白质的内部结构

首先我们来了解一个尺寸——0.1纳米。0.1纳米等于一百亿分之一米,把1米的长度平均分成100亿份,那1份就是0.1纳米。在这样的尺度上我们再去看蛋白质。你们或许听过水分子的化学式H2O,水分子就是由2个氢原子和1个氧原子组成的,我们再来看看另一些常见物质的化学式,比如甲醛、乙炔、甲烷、硫酸根、甘油等。甘油在生活中很常见,几乎所有的化妆品和家化日用品里都有甘油。甘油的化学式是C3H8O3,代表它由3个碳原子、8个氢原子、3个氧原子组成。血红蛋白的化学式是什么呢?它是由多少个原子组成的呢?血红蛋白由3032个碳原子、4816个氢原子、812个氧原子、780个氮原子、8个硫原子和4个铁原子組成。所以,一个蛋白质分子就由这么多原子组成,我们最终也测到了每一个原子在三维空间中的位置。其实我们每个人的身体都像一个宇宙,里边有无数的原子,它们组成了非常复杂的机器,完成了非常精密的生物学功能。这些结构是用什么方法测出来的呢?这需要借助X射线、电子显微镜或核磁共振等手段。这是一个同步辐射X射线光源,它是一个很强大的X射线光源,可以用来给化石照X光片,它跟我们平常去医院照的胸片是不一样的。同步辐射光源是一个巨大的科学装置。目前全中国只有一台第三代同步辐射光源,在上海。

为什么要研究结构生物学

为什么要做结构生物学?我们知道线粒体是细胞中的能量工厂,ATP分子是细胞里的能量货币,那么,食物变成了葡萄糖之后是怎么变成ATP的呢?在这个能量转换的过程中,有一个很关键的蛋白质机器在起作用,那就是ATP合成酶,它就像电动机一样不停地旋转,而推动它旋转的力量来自跨膜质子动力势,旋转时产生的力量合成了ATP。ATP合成酶又像水坝上的水车,水车不停地转动,ATP合成酶也在我们体内不停地转动,这样的事情发生在我们每一个细胞的每一个线粒体里,它们给我们提供了能量,让我们能说能想,能跑能跳。正是通过结构生物学的研究,我们才能够进入到微观世界,看到这些蛋白质分子的运转模式。另外,结构生物学也能够帮助我们研制新药,治疗更多疾病。药物之所以会起作用,是因为它们能阻碍细菌的核糖体,阻碍它的运动,这样细菌就死掉了。这样的医学研究都需要靠结构生物学。回到今天的主题:从细胞到原子——生命的微观世界。从几百米高的楼房,一两米高的人,到几厘米长的昆虫,再到微米级的细胞,纳米级的蛋白质分子、原子,人类想要真正从根源上回答一些生命的问题,就必须从宏观向微观进军。

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