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基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析

2019-05-27宋国庆李辉马克赵雪莹沈忆文谢建辉周怀谷

法医学杂志 2019年2期
关键词:物种分类差异

宋国庆 ,李辉 ,马克 ,赵雪莹 ,沈忆文 ,谢建辉 ,周怀谷

(1.复旦大学基础医学院法医学系,上海 200032;2.上海市公安局物证鉴定中心 法医物证学现场应用技术公安部重点实验室 上海市现场物证重点实验室 上海市刑事科学技术研究院,上海 200083)

土壤样本在刑事案件中并不少见,黏附于鞋、衣物或凶器的土壤有助于提示案件现场及自然环境,指明侦查方向并缩小侦查范围,为案件侦破提供科学依据[1]。传统的法医土壤分析主要是通过理化方法对土壤表征和组分进行分析,早期的土壤微生物基因组学研究依赖微生物分离和纯培养,鉴定方式主要为形态观察、生化反应和免疫学等方法,然而环境微生物群落中超过99%的微生物无法在培养条件下生长[2]。随着分子生物学技术,特别是高通量测序(highthroughput sequencing,HTS)技术在法医土壤分析中的应用,土壤微生物学在法庭科学领域的应用逐渐成为研究热点[3]。HTS单次反应能够同时对几十万乃至几百万条DNA进行测序,该方法使得对土壤中非培养微生物的发现和研究成为可能,促进了微生物基因组学的发展[4]。细菌是土壤微生物的主要类群之一,细菌中的核糖体小亚基16S rRNA是研究细菌进化良好的分子时钟,被广泛应用于细菌物种分类学和菌群结构或功能的研究[5-6]。

本研究采集上海市7个地区的土壤样本,利用HTS技术对16S rRNA基因高变区片段测序,采用生物信息学软件对测序结果进行多样性分析,比较不同土壤中细菌群落的差异性,探索其应用于法庭科学的可行性。……

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