金梅，张丽娟，曹倩，郭鑫英



MT和FGF5调控辽宁绒山羊绒毛生长相关LncRNA的筛选及鉴定

金梅，张丽娟，曹倩，郭鑫英

（辽宁师范大学生命科学学院/辽宁省生物技术与分子药物研发重点实验室，辽宁大连 116029）

【目的】筛选出辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞中与绒毛生长相关的LncRNA，为绒毛生长相关LncRNA的功能及机制研究提供基础性数据。【方法】提取MT和FGF5处理的辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞总RNA，通过样品总RNA电泳检测、测序数据质量评估、Mapping比对、样品间相关性检查对提取的总RNA进行质量检测。筛选出差异表达的LncRNA并预测其靶基因，通过GO和KEGG富集分析，筛选出与绒毛生长相关的LncRNA，并通过Real-time PCR对目标LncRNA进行表达验证。【结果】（1）样品总RNA质量检测结果显示：RNA 完整性良好、GC含量相对较高，序列较稳定、样品间表达水平相关性均较高、符合测序要求。（2）差异表达LncRNA的筛选结果显示：1.0g∙L-124h组差异表达LncRNA有32个，其中4个表达上调，28个表达下调；0.2g∙L-124h组差异表达LncRNA 有10个，其中4个表达上调，6个表达下调；0.2g∙L-172h组差异表达LncRNA有113个，其中5个表达上调，108个表达下调。10-4g∙L-124 h组差异表达LncRNA有164个，其中有70个上调，94个下调；10-4g∙L-172 h差异表达LncRNA 有189个，其中有78个上调，111个下调；10-6g∙L-124 h组差异表达的LncRNA有123个，其中有27个上调，96个下调 。（3） 靶基因GO富集分析结果显示：1.0g∙L-124h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter；0.2g∙L-124h组无差异表达LncRNA靶基因富集的GO term；0.2g∙L-172h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的cellular metabolic process biological_process，binding molecular_function，FGF5处理组中只有10-4g∙L-172 h组差异表达LncRNA靶基因富集在cell cellular_component、cell part cellular_component、intracellular cellular_component、binding molecular_function等6个条目。（4）靶基因KEGG富集分析结果显示：1.0g∙L-124h组差异表达LncRNA靶基因富集在Steroid biosynthesis pathway；0.2g∙L-124h组无差异表达LncRNA靶基因富集的Pathway term；0.2g∙L-172h组差异表达LncRNA靶基……