朱文根 李星浩 饶刘瑜 黄 洁 余育和 肖凡书 颜庆云

(1. 中国科学院水生生物研究所中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室, 武汉 430072; 2. 中国科学院大学, 北京100049; 3. 中山大学环境科学与工程学院, 环境微生物组学研究中心, 广州 510006)

动物肠道内生活着大量的微生物, 包括真核微生物、细菌、古菌和病毒等[1]。在肠道微生态系统中, 各种微生物与宿主经过长期的协同进化, 在调节宿主生理生化反应、促进消化吸收、介导宿主免疫应答和抵制宿主疾病发生等方面发挥着重要的作用, 以至于被认为是动物额外的器官[2—5]。这些与肠道联系紧密的共生菌群, 与宿主相互作用,共同维系整个肠道生态系统平衡与稳定。然而, 肠道正常菌群不是一成不变的, 可因环境、饵料、宿主行为和基因型等的不同有所差异, 但总体上处于相对稳定状态[6—9]。

有研究表明, 有些肠道微生物只是随机进入肠道或暂时生活于此, 而某些病原微生物入侵肠道微环境, 可直接或间接影响肠道正常菌群的平衡与稳定[10]。Li等[11]研究发现, 患有疖病的圆口铜鱼肠道菌群多样性显著低于健康圆口铜鱼, 且肠道菌群在患病个体间的差异也远大于健康个体间差异。对患有“红鳃病”的鲫与健康鲫肠道菌群进行对比分析, 也得出相似的结论[12], 这表明病原入侵会导致肠道菌群发生紊乱。

草鱼(Ctenopharyngodon idellus)是我国最为重要的淡水养殖鱼类, 在长江、珠江流域养殖量极大[13]。草鱼幼苗容易感染病原发病, 其中威胁最大的是草鱼出血病(Grass carp hemorrhage)。……