1979年，曹文轩开始发表文学作品，其中短篇小说《弓》和《哑牛》分别获得1982年《儿童文学》、《少年文艺》优秀作品奖。

1988年4月，他的短篇小说《再见了，我的小星星》获得第一届全国优秀儿童文学奖。1988年5月，凭借学术著作《中国八十年代文学现象研究》获北京大学首届青年优秀科研成果一等奖；同年10月，获中国当代文学研究会第二届文学评论科研奖。

1992年12月，曹文轩凭借长篇小说《山羊不吃天堂草》获第三届宋庆龄儿童文学奖金奖，并于次年2月获中国作家协会全国儿童文学作品集评奖一等奖；1993年11月，短篇小说《蓝花》获冰心儿童文学奖新作奖。1995年2月，短篇小说集《红葫芦》获中国台湾《中国时报》1994年度十大童书奖及“好书大家读”年度短篇小说类创作最佳奖，《山羊不吃天堂草》获“好书大家读”年度长篇小说类创作最佳奖。

1998年2月，中短篇小说《三角地》获“好书大家读”年度最佳少年儿童读物奖，长篇小说《草房子》获“好书大家读”年度最佳少年儿童读物奖，同年8月《草房子》获第九届冰心文学奖大奖，次年10月获第四届国家图书奖；1999年10月，凭借长篇小说《红瓦》获第四届国家图书奖二等奖；1999年6月，凭借改编电影《草房子》获第八屆中国电影童牛奖优秀编剧奖，同年10月，获得第十九届中国电影金鸡奖最佳剧本奖。

2000年5月，长篇小说《草房子》再获第四届全国优秀儿童文学奖及第五届宋庆龄儿童文学奖小说类金奖；同年电影《草房子》获得第十四届德黑兰国际电影节评审团特别大奖“金蝴蝶奖”。

2002年9月，任中国作家协会儿童文学委员会委员。

2003年9月，当选为北京作家协会副主席。

2003年10月，长篇小说《根鸟》获第六届宋庆龄儿童文学奖佳作奖；2004年2月，提名中国安徒生奖；同年5月，获得国际安徒生奖提名[12]；同年10月，长篇小说《细米》获中国作家协会第六届全国儿童文学奖；2005年12月，长篇小说《青铜葵花》获中国台湾《中国时报》2005年十大好书，于次年3月获“好书大家读”年度长篇小说类创作最佳奖。《青铜葵花》还获了“五个一工程”奖、国家图书奖、第七届中国作协全国优秀儿童文学奖、冰心文学大奖。

2007年5月，成为中国作家协会第六届全国委员会委员。

2010年11月，小说《黄琉璃》获第八届全国优秀儿童文学奖奖。

2016年4月4日，曹文轩摘得国际儿童读物联盟（IBBY）2016年度“国际安徒生奖”；同年5月，他在《人民文学》杂志6月刊上全文发表长篇小说《蜻蜓眼》，该作于2017年12月获得首届“吴承恩长篇小说奖”。