1954年1月，曹文轩生于江苏盐城龙港村，他童年的经济状况不太好，生活贫困，不过家中有一些书，后来他也经常去父亲任校长的一所小学的小图书室读书。

1974年，被北京大学图书馆系录取，后转入中文系学习；毕业后他因成绩优异被留校，却悄悄回乡在家待了一年才返北大任教。曹文轩为北京大学中文系教授和现当代文学博士生导师，当代文学教研室主任；教授课程：《中国当代文学》 《小说的艺术》《小说十家》 《思维论——对文学的哲學解释 》《中国八十年代文学现象研究》《20世纪末中国文学现象研究》 《中国当代文学热点分析》等。承担国家教委八五科研项目“小说的艺术”和国家九五重点科研项目“二十世纪末中国文学现象研究”。

1993年10月至1995年4月应日本东京大学邀请任教。

1999年11月应日本国际交流基金会邀请，出席“中国电影 ”研讨会并发言。

1999年12月应日本戏曲家协会邀请，出席“电影剧本创作”研讨会并发言。

2000年3月，入选教育部“跨世纪优秀人才培养计划（人文社会科学）”第三批。

2001年起，兼任中国作家协会鲁迅文学院客座教授。

2005年，与洪子诚等合作完成的“中国当代文学专业课程建设和研究生培养”项目获得高等教育国家级教学成果奖提名。