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TNNI3K抑制剂3D-QSAR的研究及虚拟筛选

2018-10-24徐闻曦蔡晓然郑小娇刘根炎巨修练

武汉工程大学学报 2018年5期
关键词:生物模型

徐闻曦,蔡晓然,郑小娇,刘根炎,巨修练

武汉工程大学化工与制药学院,湖北 武汉 430205

肌钙蛋白I相关激酶(TNNI3K)是一种心肌特异性激酶[1]。它包含三个可识别的结构域:N-末端的十个锚蛋白重复序列,一个中心蛋白激酶结构域和C末端富丝氨酸结构域[2]。TNNI3K是促进分裂原活化蛋白激酶(MAP3K)的超家族成员[2],然而目前仅有一个TNNI3K上游靶点被阐明,其余靶点尚不明确[3]。对TNNI3K在心脏生物学中的作用知之甚少。据Vagnozzi等[4]研究发现TNNI3K会加重缺血/再灌注损伤,氧化应激和心肌细胞死亡。TNNI3K介导的损伤通过产生更多线粒体超氧化物及破坏线粒体功能发生,并且在很大程度上依赖于p38丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)激活。TNNI3K被抑制能够减少线粒体超氧化物产生,保留心脏功能并限制慢性不良重塑[4]。这项研究结果表明TNNI3K调节缺血性心脏再灌注损伤,是急性冠状动脉综合症(ACS)的治疗新靶点。并且TNNI3K仅在心脏中表达,所以靶向TNNI3K的抑制剂可能相对比较安全。

本文通过Brain等[5]研究得到的TNNI3K抑制剂构建CoMFA及TopomerCoMFA模型对TNNI3K抑制剂进行三维定量构效关系研究。并通过已构建的 TopomerCoMFA 模型结合 Topomer search[6]技术对ZINC数据库进行基于R基团的虚拟筛选,最终整合得到25个分子,这些分子预测活性均高于建模分子中活性最高者。将这些分子对接到TN⁃NI3K蛋白上,筛选得到11个分子可以作为潜在的TNNI3K抑制剂,为TNNI3K的优化设计提供了理论依据和进一步研究的基础。

1 实验部分

1.1 数据来源及其预处理

本研究所涉及的所有计算工作都在WIN7系统SYBYL-X 2.1软件上完成。除特别指出外,计算参数均为缺省值。……

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