黑斑侧褶蛙Temporin基因内含子在PCR扩增、克隆和Sanger测序过程中的复制跳跃
2018-08-21徐艳春杨淑慧
崔 杰 林 煜 徐艳春 杨淑慧
(东北林业大学野生动物资源学院,哈尔滨,150040)
聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)是指在DNA聚合酶的催化下,以母链DNA为模板,以特定引物为延伸起点,通过变性、退火、延伸等步骤,体外复制出与母链模板DNA互补的子链DNA的过程[1],是一项能够快速、特异地在体外扩增目的DNA的技术,是生物学研究中应用最为广泛的实验室技术之一[2-4]。
PCR产物经常需要经过克隆后进行测序或其他分析。克隆时将PCR产物与特定载体DNA分子连接,形成重组DNA分子,转入感受态细胞中通过细胞和质粒的不断复制,生成大量目标分子[5-7]。随着新型载体的不断出现,如T-载体等,在很大程度上简化了PCR产物的克隆过程,同时也提高了克隆效率[8-10]。
但是,PCR并不总是完全忠实的,除了引物与模板的非特异结合产生非特异性扩增产物以外,因为模板的高级结构、聚合酶的某些属性等,还经常会介导DNA的重组(recombination)、复制滑动(slippage)和跳跃(jumping)等[11]。
重组是DNA聚合酶在按照模板合成新链的时候,因为另一条与模板序列高度相似的片段与模板在空间上接近,聚合酶从原来的模板链上移动到该片段上继续合成新链,最终使PCR产物成为两个不同模板链的重组产物[12]。复制滑动在微卫星等短串联重复序列的扩增中十分常见,DNA聚合酶在合成新链时越过一个或几个重复单位,造成PCR产物比模板链缩短重复单位整数倍[13]。
跳跃扩增是当模板DNA自身因为同原序列形成较为稳定的环形局部二级结构,新链合成时DNA聚合酶移动到该区域后,就可能跨过这个环形区继续向下合成新链,从而使PCR产物较模板丢失了一个片段[14]。……
