SMAD基因家族PCR引物设计及其在非小细胞肺癌中的表达
2018-07-20林高阳高大登袁方刘振波
林高阳,高大登,袁方,刘振波
(青岛大学附属青岛市海慈医疗集团,山东青岛266033)
聚合酶链式反应(PCR)是一种体外酶促合成、扩增特定基因或DNA片段的方法,已在多个领域得到广泛应用,如基因分离、克隆、核酸序列分析、胎儿性别鉴定、癌症治疗监控、基因突变检测等。近年来,基础医学对转化生长因子β(TGF-β)/SMAD信号通路及SMAD基因家族与各种疾病的研究不断升温,SMAD基因家族的PCR检测技术应用也更加广泛。引物设计是影响PCR试验的重要参数之一,一对高度有效的基因引物序列可以更好地检测基因表达变化。目前,虽然引物设计软件的功能趋于完善,但关于计算机引物设计程序的文献还不多。2017年1~12月,本研究以SMAD基因家族引物设计为例,对引物设计原则和软件引物设计的方法进行了分析,同时应用RT-PCR技术检测SMAD基因家族在人正常支气管上皮细胞系BEAS-2B和非小细胞肺癌A549、SK-MES-1、H1299中的表达变化,旨在为进一步研究SMAD基因提供条件。
1 材料
人正常支气管上皮细胞系BEAS-2B,肺腺癌细胞系A549、H1299,肺鳞癌细胞系SK-MES-1均购自美国模式培养物保藏所(American Type Culture Collection. ATCC,Manassas, VA, USA);TRIzol购自美国Invitrogen公司;逆转录试剂盒和实时荧光定量PCR检测试剂盒购自TaKaRa生物科技公司;SMAD基因家族引物自主设计,碱基序列由华大生物科技有限公司合成,应用Applied Biosystems(ABI)7900 Fast Real-Time PCR System进行检测。
2 方法与结果
2.1 SMAD基因家族(SMAD1~SMAD8)特异引物设计及验证 在NCBI数据库中搜索SMAD1~SMAD8基因序列,应用Premier Primer5.0软件,按照引物设计的基本原则进行引物设计。引物设计流程:获取SMAD基因序列(NCBI、Gramene、EBI等);序列编辑与整理(明确SMAD家族成员的可变剪切体数目);……
