应用肿瘤数据库信息分析HMCN1基因在胃腺癌中的表达及其作用机制
2018-06-08陈思澈党胜春张建新钱小宝任天宇孙明明
陈思澈, 党胜春, 张建新, 钱小宝, 任天宇, 孙明明
(江苏大学附属医院普外科, 江苏 镇江 212002)
胃癌是全球常见的恶性肿瘤,预后相对较差[1]。胃腺癌患者死亡率高的主要原因是胃部的结构特点使肿瘤细胞较易浸润与转移[2]。胃腺癌是胃癌的一种,由胃腺体细胞恶变而来,其发生率占胃恶性肿瘤的95%[3]。胃腺癌的发生是多因素、多阶段、多步骤的复杂过程[4],其病变涉及多种遗传易感因素以及基因组学和蛋白组学的异常表达[5]。其中,HMCN1可通过调节下游蛋白抑制癌症的发生,但其在胃腺癌中的功能尚不明确。HMCN1又称Fibulin-b,在细胞胞质分裂期促进细胞成熟,在细胞连接中起稳定作用。通过分析癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)的相关数据,可以从基因水平研究肿瘤的发生与发展机制。因此,本研究通过Cbioportal数据库分析,结合Genecards相关数据,分析HMCN1基因与胃腺癌的关系,进一步明确HMCN1对胃腺癌发生和发展的影响。
1 资料与方法
1.1 HMCN1基因在胃腺癌中的表达以及生存率分析
通过在线的TCGA可视化平台,Cbioportal网站(www.cbioportal.org)[6-8],获得TCGA数据库中的289例胃腺癌样本,提取患者相关资料,应用survival选项分析289例样本中HMCN1表达与生存时间的Kaplan-Meier关系图;应用oncoprint选项分析HMCN1变异情况。
1.2 HMCN1基因在组织中以及不同病理分期胃腺癌组织中的表达分析
利用基因表达谱动态分析数据库(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)网站搜索HMCN1在正常胃腺组织以及胃腺癌组织中的表达情况,并进行比较。搜索HMCN1基因在不同病理分期胃腺癌组织中的表达情况,应用Log-rank检验分析HMCN1的表达差异。
1.3 HMCN1基因相关蛋白以及功能分析
通过Genecards查找与HMCN1有关的蛋白,构建相关蛋白网络图,查找其中蛋白的功能,并对其中蛋白进行富集分析。……