湖南农业大学动物科技学院

禽畜遗传改良湖南省重点实验室 410128

随着众多家畜基因组测序的完成和高通量测序价格的直线下降，研究者们从全基因组角度在家畜基因组上寻找同人工选择、环境适应和驯化历史等的选择印记成为可能。一般而言，当获得家畜目标群体的全基因组数据后，需要考虑选择发生的时间、选择的强度、研究包括的群体和选择的模式等因素，从而确定将要使用的数理分析方法。目前常用的家畜基因组选择信号的鉴别方法主要有以下几种。

先介绍基于非同义突变和同义突变替换率的检验方法。基因组上的非同义突变（non-synonymous）指导致氨基酸改变的核苷酸变异，同义突变（synonymous）指由于密码的简并性，使得发生在基因编码区的突变并不改变编码的氨基酸。该种方法使用基因编码区在非同义位置上的非同义突变数目的替换率（dn）同在同义位置上的同义突变数目的替换率（ds）的比值来判断出现的选择模式。认为当dn同ds的比值等于1时，位点处于中性进化；当dn同ds的比值大于1时，认为出现了正向选择；反之，当dn同ds的比值小于1时，认为出现了负向选择。有众多方法可以对dn和ds进行计算，最初计算只能在2条DNA序列中进行，近期在多条序列之间进行dn和ds计算也成为了可能，并且可以利用似然比检验对假设的中立模型和替代模型进行统计学检验。计算基于dn同ds的比值选择信号鉴定常使用软件MEGA和PAML进行。

另一种方法是基于位点变异……