杭柏林， 徐　军， 胡建和

(河南科技学院动物科技学院，河南新乡 453003)

抗菌肽(antimicrobial peptides，简称AMPs)是生物机体内具有抗细菌、抗病毒、抗肿瘤等多种生物学活性的多肽，是机体先天免疫系统的重要组成部分[1-2]。抗菌肽具有低毒、高效、抗菌谱广、低耐药等特点，成为抗生素替代物研究中的佼佼者[3-4]。Krause等从人血液中分离到肝脏表达的抗菌肽LEAP-1、2，其中Ⅱ型肝脏表达抗菌肽(liver-expressed antimicrobial peptide 2，简称LEAP-2)有较强的抗微生物活性，但肽的序列、二级结构和表达等方面与其他已知肽类有差异[5]。从鸡体内分离到的LEAP-2由76个氨基酸构成，具有抗微生物(如沙门氏菌)的活性[6]。但鸡LEAP-2(cLEAP-2)的许多生物信息学内容还不是很清楚。因此，本研究基于cLEAP-2的氨基酸序列利用在线生物软件和程序进行生物信息学分析，为深入探讨其抗菌作用机制提供参考。

1　材料与方法

1.1　材料

鸡内源性抗菌肽LEAP-2的氨基酸来自网站http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/，登录号为NP_001001606，其序列为MHCLKIMAFLLFFSLLLSQVYCASLHQPQPLLRLKRMT PFWRGVSLRPVGASCRDNSECITMLCRKNRCFLRTASE。

1.2　方法

1.2.1抗菌肽理化性质分析利用www.expasy.org/tools网站中的ProtParam工具对抗菌肽cLEAP-2进行理化性质参数的分析。

1.2.2抗菌肽的二级结构预测利用https：//npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page= npsa_sopma.html网站的二级结构预测工具进行抗菌肽cLEAP-2的二级结构预测。

1.2.3抗菌肽的跨膜区分析利用http：//www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html网站的TMpred网站的工具进行抗菌肽cLEAP-2的跨膜区分析。

1.2.4抗菌肽的信号肽预测利用http：//www.cbs.dtu.dk/services/SignalP网站的Signal4.1Server工具分析抗菌肽cLEAP-2的信号肽。

1.2.5抗菌肽细胞内定位的预测利用http：//www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/SubLoc/eu_predict.htm网站的亚细胞定位分析工具Sublocal v1.0进行抗菌肽cLEAP-2的细胞内定位预测。

1.2.6抗菌肽糖基化和磷酸化位点预测利用http：//www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/网站的NetOGlyc 4.0 Server工具和http：//www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/网站的NetPhos3.1Server工具分析抗菌肽cLEAP-2的糖基化和磷酸化位点。……