顾京晶

（1.湖南农业大学 动物科技学院，湖南长沙410128；2.禽畜遗传改良湖南省重点实验室，湖南长沙410128）

全基因组关联分析是利用SNP分子标记，借助统计学对影响复杂性状的遗传变异进行鉴定和分析的方法。现在猪、牛、鸡、羊、马等畜禽都有商业化的SNP芯片可以购买使用进行快速全基因组SNP分型，然后通过关联分析寻找显著标记位点，在强显著标记附近确定候选区域，再精细定位寻找候选基因，并验证候选基因可靠性。

1 GWAS研究的特点和方法

GWAS研究的优势在于在资源家系、自然群体中都可进行研究，根据研究的群体结构不同，常见的分析方法可分为基于不相关个体的关联分析（Unrelated individual based association study）和基于家系的关联分析（Family based association study）；并且GWAS研究并不需要在研究前构建任何假设，即不需要预先依据那些尚未充分阐明的生物学基础来假设某些特定的基因或位点与复杂性状相关联。

2 GWAS方法的局限性

但GWAS方法也有一些问题，如通过统计来分析遗传因素和复杂性状的关系，确定与特定性状或复杂性状关联的功能性位点存在一定难度，同时也需关注调控区和转录区SNP，而由于大多数基因的功能暂未阐明，从而比较难于深入研究探讨。同时等位基因、数量、类型、作用大小和变异频率等，在不同性状中可能具有不同特征。寻找到的SNP变异，可能只能解释一部分特定表型出现的原因。另外，在一个群体中GWAS结果显著的SNP在另外的群体中有时并不显著。并且由于不同群体中可能具有不同的等位基因频率，以及不同群体可能有着不同的连锁不平衡区域LD。……