猪圆环病毒3型在瑞典猪群中的检测和遗传特征分析
2018-01-22张爱琼梁海英曾智勇编译
张爱琼,梁海英,曾智勇(编译)
(贵州大学动物科学学院,贵州 贵阳 550025)
圆环病毒(PCV)是圆环病毒科圆环病毒属无包膜单股环状DNA病毒。从全球范围来看,目前在猪群中鉴定出的有3种不同类型:PCV1、PCV2和PCV3,PCV1被广泛认为是非致病性的,而PCV2与一系列猪圆环病毒疾病相关,导致广泛的临床症状,给全球猪生产造成严重经济损失。猪圆环病毒3型(PCV3)是一种新型圆环病毒,首次在美国发现,随后在中国、韩国、波兰和意大利等国家检出,其基因组大小为2 000 bp,主要编码Rep和Cap蛋白。基于PCV3在许多国家和地区的广泛流行,为了解瑞典是否有PCV3的存在以及其基因组特性,Ye等应用PCR技术对瑞典猪群进行检测分析。
其 根 据 PCV3-US/SD2016(KX966193) 毒 株 设计2对 引 物(Rep-F 5'-TTTACGATAAACAACTGGA CCC-3',Rep-R 5'-CATCTTCTCCGCAACTTCAG-3',Cap-F 5'-CGTAGAAGTCTGTCATTCCA-3'和Cap-R 5'-AAGACGACCCTTATGCGG-3'), 分 别 靶向PCV3的Rep基因和Cap基因,对1993年至2007年收集的49个存档的淋巴结样本的DNA[样本之前已经针对PCV2、Torque teno sus病 毒(TTSuV) 和 猪 博 卡 病毒(P BoV)进行了研究]进行检测,PCR反应体系如下 :1×PCR 缓 冲 液,1.5 mM MgCl2,0.2 mM dNTP,0.2 mM每种引物和0.625 U AmpliTaq God DNA聚合酶。 反 应 程 序 为:95 ℃ 10 min;95 ℃ 15 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 35 s,35个 循 环 ;72 ℃ 5 min。 并 设 计 4条 引 物(Rep-F1 5'-CGAGAATTCCGAGATTGGCGAAGATTCC-3'Rep-R1 5'-CGAGAATTCTCTCGAGGTAATCCCCCT CT-3',Cap-F1 5'-CGAGAATTCGCATAAGGGTCGTCT TGGAG-3',Cap-R1 5'-CGAGAATTCTATGCGGAAAGT TCCACTCG-3')扩增PCV3全基因组,将纯化的PCR产物插入pJET载体(Thermo Fisher)中送到Macrogen公司进行测序,并运用生物信息学软件DNAStar对PCV3测序序列进行编辑和拼接,运用MEGA 5.0软件进行遗传进化树的构建与分析。
研究结果显示,在49份样品中检测出有10份PCV3呈阳性,其中有1份不确定(只有Rep PCR呈阳性);从2004年收集的样品获得一个PCV3基因组序列(PCV3/SWE84/2004)和一个微型PCV3样病毒(MPCLV/SWE84/2004)基因组序列,GenBank登录号分别为MG765473和MG765474。与先前报道的PCV3序列一样,PCV3/SWE84/2004的长度为2 000 bp,包括编码296个氨基酸 Rep蛋白和214个氨基酸 Cap蛋白的两个开放阅读框(ORF)。而MPCLV/SWE84/2004的长度只有839 bp,编码假定的……
