上海交通大学医学院附属儿童医学中心小儿心血管专业是全球最大的小儿先心诊治中心之一，先后开拓性地攻克了深低温体外循环技术、大血管转位手术技术、全反心手术等一系列高难度关键技术，并获得3项国家科技进步奖。目前，年心脏直视手术超3700例，复杂先心手术占比超60%，手术总成功率大于98%；继续保持着最小手术年龄出生2小时、最轻体重850克的国内记录。欧洲心脏中心数据显示，医院先心诊治规模、技术、质量均已接近或超过欧美同行先进水平。

儿童血液／肿瘤中心是国内乃至全球最大的诊治中心之一，年收治白血病等新发肿瘤病例大于600例、异基因干细胞移植大于180例。在国内最早吸收引进微小残留病（MRD）流式分选技术并应用于临床，先后牵头制定8项临床指南或专家共识。

发育行为儿科所开展的铅对儿童生长发育影响研究、新生儿听力筛查及干预研究、睡眠对儿童生长发育影响及应用研究，不仅分获3项国家科技进步奖，也为我国全面推进使用无铅汽油、改变“十聋九哑”传统认识、取消小学生早自修等多项国家政策实施作出重要贡献。国际权威杂志《柳叶刀》为此刊登专报，高度评价我国为儿童人群健康促进所做出的出色成就。