在终末期肝病综合诊治体系上，医院引领国家专科发展。目前，终末期肝病诊治已形成“肝癌一体化治疗”与“肝衰竭一体化治疗”两大成熟体系。肝癌一体化综合治疗体系包括精准肝切除、微创治疗、肝癌肝移植等，该体系突破晚期肝癌传统治疗极限，使诸多“不治之症”患者重获生机。现每年完成肝癌手术1000余例，5年存活率比肩发达国家水平。肝衰竭一体化治疗体系以肝移植为核心，实现全方位重大技术突破，截至目前，共救治肝衰竭患者1700余例，5年生存率由60%提高至80%，围手术期死亡率降至1%以下，彻底解决肝衰竭患者高病死率的国际难题，获得国家科技进步奖一等奖两项、二等奖一项。

医院是国内开展以肾移植为基础的尿毒症一体化治疗数量最多的单位，拥有多项创新技术：针对高危人群，实施去敏治疗和强化干预方案，使高危受者急性排斥发生率从 53.7%下降到 14.6%。同时，创新开展国际上首个无激素治疗肾病综合征技术，彻底避免激素治疗，有效率达到98.3%，副作用下降43.7%，严重副作用减少57.3%。通过一体化诊治体系，尿毒症患者20年生存率达到68.9%，疗效国际领先，成果全国推广，惠及国内20余万名尿毒症患者，获2014年国家科技进步奖二等奖。