苗作云 杨 赟 刘攀峰 郑新芳 杜红岩 朱景乐*

(1.中国林业科学研究院经济林研究开发中心，郑州 450003； 2.黄河科技学院，郑州 450063； 3.河南农业大学，郑州 450002； 4.华南农业大学，广州 510642)

基于转录组数据的杜仲红叶性状SSR分子标记分析

苗作云1,2杨 赟3刘攀峰1郑新芳4杜红岩1朱景乐1*

(1.中国林业科学研究院经济林研究开发中心，郑州 450003；2.黄河科技学院，郑州 450063；3.河南农业大学，郑州 450002；4.华南农业大学，广州 510642)

对‘华仲12号’杜仲的幼嫩叶片(绿色)和成熟叶片(红色)及‘华仲11号’杜仲成熟叶片(绿色)进行转录组测序，进行测序数据的拼接和组装，且对转录组获得的基因(Unigenes)进行SSR分析。研究得到54 517条平均长度为806.90 bp的Unigenes，其中25 993条Unigenes在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG蛋白数据库获得功能注释，占所有Unigenes的47.68%。参照KEGG数据库，可将注释到的6 910条Unigenes划分到122个代谢途径分支，其中花色苷代谢途径相关酶基因39个，类黄酮代谢途径38个，类胡萝卜素合成途径34个。54 517条Unigenes中共包含17 010个完整型SSR位点，占总SSR位点的96.28%。完整型SSR位点共包含67种重复基元，其中出现频率最高的重复基元类型为单核苷酸重复中的A/T(7 747个)，其次是AG/CT(5 039个)和AT/AT(850个)从花色苷代谢途径、类黄酮代谢途径及类胡萝卜素代谢途径中共找到13个SSR位点。为今后杜仲遗传多样性分析、遗传图谱构建及杜仲红叶性状分子标记开发等方面奠定了分子基础。

杜仲；红叶；微卫星；转录组；高通量测序

杜仲(EucommiaulmoidesOliv.)属杜仲科(Eucommiaceae)，单科单属单种，是中国重要的名贵经济树种，雌雄异株，风媒花。其在我国27个省(区、市)均有分布，不但是中国分布最广的胶源植物和名贵中药材[1]，还是一种理想的城市绿化和庭院观赏树种[2]。……