罗志兵

（西南林业大学大数据与智能工程学院，昆明 650224）

基于动态规划的基因双序列比对研究

罗志兵

（西南林业大学大数据与智能工程学院，昆明 650224）

在生物信息学的研究中，最基础的问题是对生物序列进行分析，序列比对是最基本的操作。通过比对找出序列间的相似性，根据相似性进行同源性分析，推导出演化过程。因此，序列比对常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。它对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息具有非常重要的意义。如何开发出高效、准确的序列比对算法是目前序列比对的一个重点。经过对双序列比对算法的研究，探索动态规划算法在全局比对和局部比对中的应用以及算法的实现过程。

生物信息学；序列比对；动态规划

1 序列比对的概念及其意义

序列比对的定义是：根据特定的计分规则，两个或多个符号序列按位置比较后排列，尽可能反映序列间的相似性，这一过程称为序列比对。

生物学上一个基本问题是，一个基因或者蛋白是否和别的基因或者蛋白存在联系。蛋白质在序列层次的关联暗示了其同源性，同时暗示了它们可能有类似的功能。通过分析多个DNA或者蛋白质序列，我们可能会发现一些保守序列和区域。这种基因序列或者蛋白质序列之间关联性的分析就是通过序列比对来完成的[2]。如今，人们完成了许多不同生物体的基因组分析，获得了大量的基因和蛋白质序列数据。……