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利用数字表达谱分析拟南芥叶片中盐响应基因

2017-11-22杨梅燕吴佳辉黄健子郑易之

深圳大学学报(理工版) 2017年6期
关键词:植物差异

程 华,杨梅燕,吴佳辉,孙 楠,黄健子,郑易之,刘 昀

深圳大学生命与海洋科学学院,广东省植物表观遗传重点实验室,深圳市微生物基因工程重点实验室,广东深圳 518060

【生物工程/Bioengineering】

利用数字表达谱分析拟南芥叶片中盐响应基因

程 华,杨梅燕,吴佳辉,孙 楠,黄健子,郑易之,刘 昀

深圳大学生命与海洋科学学院,广东省植物表观遗传重点实验室,深圳市微生物基因工程重点实验室,广东深圳 518060

为揭示拟南芥在盐胁迫下基因表达谱的变化,为解决盐害提出新的方向,以哥伦比亚野生型拟南芥为材料,利用数字表达谱技术(digital gene expression profiling,DGEP)分析盐胁迫组(200 mmol/L NaCl处理2 h)和对照组的拟南芥叶片互补脱氧核糖核酸(complementary deoxyribonucleic acid, cDNA)文库,鉴定盐胁迫下拟南芥中差异表达的基因.结果显示,盐胁迫组中共有4 400个基因发生了差异表达,其中,1 513个基因上调表达,约占34.39%;2 887个下调表达,约占65.61%.这些基因主要富集于22个基因本体(gene ontology, GO)条目,包括核糖体构成、细胞膜和细胞器组成、应答胁迫、脯氨酸代谢等过程.进一步的KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析表明,基础代谢、次生代谢以及光合和氧化代谢等32个通路的基因显著富集.此外,本研究筛选到6个显著差异表达的胚胎晚期富集蛋白(late embryogenesis abundant, LEA)基因,其中,3个LEA基因在盐胁迫条件下上调表达,3个下调表达,暗示着这6个LEA基因可能是拟南芥在应答盐胁迫过程发挥关键作用的抗逆基因.

拟南芥;LEA基因;乙烯应答因子;盐胁迫;数字基因表达谱;差异表达基因

土壤盐碱化是一种严重破坏植物生长的非生物胁迫因子[1].盐……

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