廖富荣，林武镇, 2，陈细红,，陈青，陈红运，黄蓬英，方志鹏，吴媛，沈建国，林石明



番红花种球中虎眼万年青花叶病毒的分子鉴定与序列分析

廖富荣1，林武镇1, 2，陈细红1,3，陈青1，陈红运1，黄蓬英1，方志鹏1，吴媛1，沈建国3，林石明1

（1厦门出入境检验检疫局检验检疫技术中心，福建厦门361026；2生物农药与化学生物学教育部重点实验室，福州350002；3福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心，福州350003）

对一批荷兰进境番红花种球（）进行病毒鉴定，以防止危险性病毒传入危害。根据已报道的马铃薯Y病毒科（）通用引物(Sprimer和M4T)，采用RT-PCR方法对一批番红花种球样品进行检测，取其中一个RT-PCR产物进行克隆测序，利用GenBank上的基本局部比对搜索工具（Basic Local Alignment Search Tool，BLAST）和MEGA 6中的基于对数期望的多重序列比较（Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation，MUSCLE）进行序列比对分析，并根据外壳蛋白基因（coat protein，）序列利用最大似然法（maximum likelihood method）进行系统发育分析。RT-PCR检测结果显示该批样品扩增到一条约1.7 kb的预期大小片段，说明该批番红花种球样品中存在科病毒。测序获得长度为1 666 bp的序列（命名为2677-NL），含有部分核内含体b基因（nuclear inclusion b，）、完整的和3′端非编码区（3′-UTR），其核苷酸序列与虎眼万年青花叶病毒（，OrMV）的SW3.3分离物具有最高序列一致性（99.6%），与OrMV参考基因组序列（Reference genomic sequences，RefSeq；NC_019409）的序列一致性为99.1%。该分离物的与6个OrMV印度分离物（JQ686722、JQ686720、JN692498、JN692497、JN692496、JF682235）的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为71.5%—77.3%和65.7%—79.7%，与其他32个OrMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为77.9%—99.5%和82.9%—99.2%。基于进行的系统发育分析表明，OrMV可分为两个类群，而2677-NL与5个澳大利亚分离物（JQ807995、JQ807996、NC_019409、AF185964、AF185965）相聚成簇，表明其在系统发育关系上与OrMV澳大利亚分离物的亲缘关系最近。……