李立新，司守霞，魏安智，刘玉林，冯世静 ，杨途熙

(1.西北农林科技大学，陕西 杨凌 712100；2.河南林业职业学院，河南 洛阳 471002)

基于花椒转录组序列SSR分子标记开发及花椒种质鉴定

李立新1，司守霞2，魏安智1，刘玉林1，冯世静1，杨途熙1

(1.西北农林科技大学，陕西 杨凌 712100；2.河南林业职业学院，河南 洛阳 471002)

为拓展分子标记在花椒种质资源分析中的应用、开发花椒EST-SSR功能性分子标记、分析花椒DNA指纹图谱，利用凤县大红袍花椒的茎尖节点转录组cDNA数据库中45 057条长度大于200 bp的非冗余 Unigene序列，使用MIcroSAtellite(MISA)软件搜索SSR位点，分析花椒cDNA序列中SSR位点的频率和密度、SSR重复基元种类及比例、SSR重复次数与数量等分布特征；用Primer 3.0软件在线设计SSR引物并经PCR扩增筛选适合的多态性引物；用Quantity One软件统计多态性条带和分子量大小；NTsys 2.0软件分析12份花椒种质的遗传距离、构建树状聚类图及DNA指纹图谱库。结果表明，45 057条序列中有3 315 条Unigene序列包含SSR位点，共3 814个，3 315条序列中SSR位点出现频率为7.07%；在检索出的 SSR位点中，二核苷酸、三核苷酸是主要重复类型，分别占29.42%和58.58%，二核苷酸重复中以AG/TC、CT/GA 出现频率最高，三核苷酸重复中GAA/CTT、AGA/TCT出现频率最高；二、三、四、五、六核苷酸重复基元总数随着重复次数的增加呈明显下降趋势。利用Primer 3.0设计的64对EST-SSR引物中，55对引物能产生预期片段大小的 PCR 产物，其中18对引物具有多态性；利用18对引物对12份花椒种质进行PCR扩增，共产生81条扩增条带，其中多态性条带73条，多态率为90.12%；各花椒种质的遗传相似系数为0.552 6～0.894 7，平均为0.725 0；经UPGMA聚类分析在相似系数0.70处12份花椒种质共分为3类，即顶坛花椒为Ⅰ类、竹叶椒为Ⅱ类、其他花椒为Ⅲ类；……