小麦LBD基因家族的全基因组鉴定、表达特性及调控网络分析
2017-08-16邢光伟王梦醒马小飞聂小军宋卫宁
邢光伟,王梦醒,马小飞,赵 贤,张 婷,聂小军,宋卫宁
(1.西北农林科技大学农学院,陕西杨陵 712100; 2.山西省农业科学院小麦研究所,山西临汾 041000)
小麦LBD基因家族的全基因组鉴定、表达特性及调控网络分析
邢光伟1,王梦醒1,马小飞2,赵 贤1,张 婷1,聂小军1,宋卫宁1
(1.西北农林科技大学农学院,陕西杨陵 712100; 2.山西省农业科学院小麦研究所,山西临汾 041000)
为深入发掘小麦LBD基因的功能,利用小麦最新基因组数据,通过生物信息学手段,对小麦LBD基因家族进行了鉴定,并对其表达特性及调控网络进行了分析。鉴定结果表明,本研究得到了75个小麦LBD基因,根据系统进化分析结果,可将它们划分为Class Ⅰ和Class Ⅱ两个亚家族。染色体定位结果表明,除了5D和7D外,其余染色体均含有LBD基因。共表达调控网络分析表明,15个LBD基因参与了小麦功能基因调控。利用RNA-seq数据对所有小麦LBD基因在不同组织以及不同逆境胁迫下的表达情况进行分析表明,小麦LBD基因在不同组织间和胁迫下存在着差异表达,多个组织特异和胁迫响应相关LBD基因被鉴定到,可作为后续功能研究的候选基因。
小麦;LBD基因家族;逆境胁迫;共表达网络;表达谱
LBD(Lateral organ boundaries domain)基因也称作AS2/LOB基因,是一类植物中特有的转录因子基因家族。LBD通常包含四个高度保守的半胱氨酸基序CX2CX6CX3C,这是LBD家族最明显的特征[1]。同时,也发现一些LBD含有甘氨酸组成的GAS基序和类亮氨酸拉链基序LX6LX3LX6L[2]。根据这些保守结构域,前人将LBD转录因子家族分为两个亚家族ClassⅠ和ClassⅡ。其中,ClassⅠ包含上述三个完整基序,ClassⅡ包含完整的CX2CX6CX3C基序及残留的GAS基序和类亮氨酸拉链基序LX6LX3LX6L。……
