小豆SSR—PCR反应体系优化及引物筛选
2017-08-12赵雅楠王颖张东杰姜多
赵雅楠 王颖 张东杰 姜多
摘要:为探索适宜小豆SSR-PCR反应的最佳条件以筛选具有多态性的SSR引物,采用L16(45)正交设计优化影响小豆SSR-PCR反应的5个因素(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq用量、引物浓度、模板DNA用量),利用优化后的 SSR-PCR 体系,以10份小豆种质为模板,对80对小豆(50对)和绿豆(30对)的SSR引物进行多态性筛选,得出小豆SSR-PCR的最佳反应体系(20 μL):Mg2+浓度2.5 mmol/L,dNTPs浓度1.0 mmol/L,Taq活性1.5 U,引物浓度 0.6 μmol/L,模板DNA用量30 ng。利用优化后的体系在小豆和绿豆引物中筛选出31对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR引物,有效扩增率为38.75%。小豆SSR-PCR优化体系的建立及多态性引物的筛选为进一步开展小豆遗传育种研究奠定了基础,为小豆遗传多样性分析和遗传图谱库构建等研究提供了技术参数和理论依据。
关键词:小豆;绿豆;SSR-PCR;体系优化;引物筛选;有效扩增率;遗传育种
中图分类号: S521.03文献标志码: A
文章编号:1002-1302(2017)11-0033-05[HS)][HT9.SS]
小豆(Vigna angularis)是豆科(Leguminosae)蝶形花亚科(Papilionaceae)菜豆族(Phaseoleae)豇豆属(Vigna)的栽培豆种,富含蛋白质、矿物质、粗纤维、维生素等营养素及三菇皂苷、无机盐等有效成分,具有清热除湿、消肿解毒等功效,是一种深受欢迎的医食同源作物[1]。然而小豆一直被视为小宗作物,基础性研究相对比较薄弱,特别是分子标记技术研究相对滞后,在小豆遗传多样性分析、遗传育种及种质创新等研究领域面临着严峻的挑战。
简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)是一类以 1~6 个碱基为基元的串联重复DNA序列,广泛分布于植物基因组中[2]。SSR分子标记因其多态性丰富、重复性好、操作简便等特点逐渐成为植物遗传分析中的重要标记技术之一,广泛应用于遗传图谱构建[3]、种质资源鉴定[4]、新品种选育[5]等研究中。……
